Dados filogenômicos para inferência de relações evolutivas entre espécies do gênero Cereus Mill. (Cactaceae, Cereeae) (2018)
- Authors:
- Autor USP: BOMBONATO, JULIANA RODRIGUES - FFCLRP
- Unidade: FFCLRP
- Sigla do Departamento: 592
- Subjects: FILOGENIA; EVOLUÇÃO COMPARADA; BIOLOGIA
- Keywords: Cereus; NGS; Dados faltantes; Dados filogenômicos; ddRADSeq; Missing data; Phylogenomic data
- Language: Português
- Abstract: Estudos filogenômicos usando Sequenciamento de Próxima Geração (do inglês, Next Generation Sequencing - NGS) estão se tornando cada vez mais comuns. O uso de marcadores oriundos do sequenciamento de DNA de uma biblioteca genômica reduzida, neste caso ddRADSeq (do inglês, Double Digestion Restriction Site Associated DNA Sequencing), para este fim é promissor, pelo menos considerando sua relação custo-benefício em grandes conjuntos de dados de grupos não-modelo, bem como a representação genômica recuperada. Aqui usamos ddRADSeq para inferir a filogenia em nível de espécie do gênero Cereus (Cactaceae). Esse gênero compreende em cerca de 25 espécies reconhecidas predominantemente sul-americanas distribuídas em quatro subgêneros. Nossa amostra inclui representantes de Cereus, além de espécies dos gêneros próximos, Cipocereus e Praecereus, além de grupos externos. A biblioteca ddRADSeq foi preparada utilizando as enzimas EcoRI e HPAII. Após o controle de qualidade (tamanho e quantificação dos fragmentos), a biblioteca foi sequenciada no Illumina HiSeq 2500. O processamento de bioinformática a partir de arquivos FASTQ incluiu o controle da presença de adaptadores, filtragem por qualidade (softwares FastQC, MultiQC e SeqyClean) e chamada de SNPs (software iPyRAD). Três cenários de permissividade a dados faltantes foram realizados no iPyRAD, recuperando conjuntos de dados com 333 (até 40% de dados perdidos), 1440 (até 60% de dados perdidos) e 6141 (até 80% de dados faltantes) loci.Para cada conjunto de dados, árvores de Máxima Verossimilhança (MV) foram geradas usando duas supermatrizes: SNPs ligados e Loci. Em geral, observamos algumas inconsistências entre as árvores ML geradas em softwares distintos (IQTree e RaxML) ou baseadas no tipo de matriz distinta (SNPs ligados e Loci). Por outro lado, a precisão e a resolução, foram melhoradas usando o maior conjunto de dados (até 80% de dados perdidos). Em geral, apresentamos uma filogenia com resolução inédita para o gênero Cereus, que foi resolvido como um provável grupo monofilético, composto por quatro clados principais e com alto suporte em suas relações internas. Além disso, nossos dados contribuem para agregar informações sobre o debate sobre o aumento de dados faltantes para conduzir a análise filogenética com loci RAD
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2018
- Data da defesa: 04.06.2018
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ABNT
BOMBONATO, Juliana Rodrigues. Dados filogenômicos para inferência de relações evolutivas entre espécies do gênero Cereus Mill. (Cactaceae, Cereeae). 2018. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2018. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-08062018-160032/. Acesso em: 19 set. 2024. -
APA
Bombonato, J. R. (2018). Dados filogenômicos para inferência de relações evolutivas entre espécies do gênero Cereus Mill. (Cactaceae, Cereeae) (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-08062018-160032/ -
NLM
Bombonato JR. Dados filogenômicos para inferência de relações evolutivas entre espécies do gênero Cereus Mill. (Cactaceae, Cereeae) [Internet]. 2018 ;[citado 2024 set. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-08062018-160032/ -
Vancouver
Bombonato JR. Dados filogenômicos para inferência de relações evolutivas entre espécies do gênero Cereus Mill. (Cactaceae, Cereeae) [Internet]. 2018 ;[citado 2024 set. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59139/tde-08062018-160032/
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