snpReady and BGGE: R packages to prepare datasets and perform genome-enabled predictions (2018)
- Authors:
- Autor USP: GRANATO, ITALO STEFANINE CORREIA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: GENÔMICA; INTERAÇÃO GENÓTIPO-AMBIENTE; MELHORAMENTO GENÉTICO VEGETAL; MODELOS MATEMÁTICOS; R (SOFTWARE ESTATÍSTICO)
- Language: Inglês
- Abstract: O uso de marcadores moleculares permite um aumento na eficiência da seleção, bem como uma melhor compreensão dos recursos genéticos em programas de melhoramento. No entanto, com o aumento do número de marcadores, é necessário o processamento deste antes de deixa-lo disponível para uso. Além disso, para explorar a interação genótipo x ambiente (GA) no contexto da predição genômica, algumas matrizes de covariância precisam ser obtidas antes da etapa de predição. Assim, com o objetivo de facilitar a introdução de práticas genômicas nos programa de melhoramento, dois pacotes em R foram desenvolvidos. O primeiro, snpReady, foi criado para preparar conjuntos de dados para realizar estudos genômicos. Este pacote oferece três funções para atingir esse objetivo, organizando e aplicando o controle de qualidade, construindo a matriz de parentesco genômico e com estimativas de parâmetros genéticos populacionais. Além disso, apresentamos um novo método de imputação para marcas perdidas. O segundo pacote é o BGGE, criado para gerar kernels para alguns modelos genômicos de interação GA e realizar predições genômicas. Consiste em duas funções (getK e BGGE). A primeira é utilizada para criar kernels para os modelos GA, e a última realiza predições genômicas, com alguns recursos especifico para os kernels GA que diminuem o tempo computacional. Os recursos abordados nos dois pacotes apresentam uma opção rápida e direta para ajudar a introdução e uso de análises genômicas nas diversas etapas doprograma de melhoramento
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2018
- Data da defesa: 07.02.2018
-
ABNT
GRANATO, Italo Stefanine Correia. snpReady and BGGE: R packages to prepare datasets and perform genome-enabled predictions. 2018. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2018. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-21062018-134207/. Acesso em: 18 abr. 2024. -
APA
Granato, I. S. C. (2018). snpReady and BGGE: R packages to prepare datasets and perform genome-enabled predictions (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-21062018-134207/ -
NLM
Granato ISC. snpReady and BGGE: R packages to prepare datasets and perform genome-enabled predictions [Internet]. 2018 ;[citado 2024 abr. 18 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-21062018-134207/ -
Vancouver
Granato ISC. snpReady and BGGE: R packages to prepare datasets and perform genome-enabled predictions [Internet]. 2018 ;[citado 2024 abr. 18 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-21062018-134207/ - Seleção genômica
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