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Construction of a high-density genetic map of Acca sellowiana (Berg.) Burret based on two connected mapping populations (2017)

  • Authors:
  • Autor USP: MACCHIAVELLO, MARIANELLA FERNANDA QUEZADA - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LGN
  • Subjects: FRUTAS; GENÓTIPOS; MAPEAMENTO GENÉTICO; MARCADOR MOLECULAR; MYRTALES; POPULAÇÕES VEGETAIS
  • Language: Inglês
  • Abstract: Acca sellowiana, conhecida como feijoa, pineapple guava ou goiabeira-serrana, é uma árvore frutífera nativa do Uruguai e do Brasil, pertencente a família Myrtaceae. A espécie destaca-se por suas frutas altamente aromáticas, com reconhecido valor nutracêutico e terapêutico. Apesar do promissor valor agronômico, os estudos genéticos nesta espécie são limitados. Os mapas genéticos são valiosas ferramentas em tais estudos, sendo empregados no desenvolvimento de estratégias de melhoramento molecular nos programas de melhoramento. No entanto, a falta de um elevado número de marcadores polimórficos nas populações de mapeamento é uma das principais limitações no desenvolvimento de mapas genéticos saturados. Recentemente, novos métodos de genotipagem baseados em tecnologia de sequenciamento de nova geração permitem identificar e genotipar milhares de marcadores em populações de mapeamento. Esta rápida e eficiente estratégia é muito útil para culturas pouco estudadas, com recursos genômicos limitados. Neste estudo, foram construídos mapas genéticos saturados em A. sellowiana. Foram usadas duas populações de mapeamento, H5 ('TCO × BR', n = 160) e H6 ('TCO × DP', n = 184), conectadas geneticamente pelo mesmo genitor feminino. A estratégia de genotipagem por sequenciamento (genotyping by sequencing; GBS) foi usada para simultaneamente identificar e genotipar marcadores de polimorfismos de nucleotídeo único (single nucleotide polymorphism; SNP) em ambas populações. No processo dedetecção de SNPs, duas estratégias foram implementadas: na primeira foi empregado o genoma de referência de especie relacionada Eucalyptus grandis; na segunda, foi empregado uma abordagem de novo, que não requer genoma de referência. Após o processo de genotipagem quantitativo, 5350 e 4227 SNPs de alta qualidade foram selecionados para mapeamento em H5 e H6, respectivamente. Os mapas integrados H5 e H6 compreendem 1236 e 1302 marcadores distribuídos no 11 grupos de ligação esperados. Os mapas genético abrangeram um comprimento total de 1593 cM e 1572 cM, com uma distância média entre marcadores de 1:29 cM e 1:21 cM, nas populações H5 e H6, respectivamente. Um alto nível de colinearidade foi observado entre os dois mapas. Além disso, uma grande proporção de marcadores foram mapeados em ambos mapas e posteriormente usados na construção de um mapa genético integrado, considerando a informação de ambas populações simultaneamente. Foi apresentada uma nova abordagem para estimar as frações de recombinação em duas populações conectadas, onde a informação das meioses de todos os indivíduos é capturado num único estimador, usando uma estimativa de máxima verossimilhança multiponto. O mapa integrado composto contém 641 marcadores SNP com um comprimento total de 1011 cM. Este mapa representa o melhor ordenamento consenso de marcadores, sendo una valiosa referencia para futuros estudos nesta espécie. O grande número de SNPs identificados permitiu-nos a construção de mapas genéticos dealta densidade, ferramentas moleculares que representam uma contribuição relevante para futuras pesquisas genéticas e avanços no melhoramento genético em A. sellowiana
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 26.09.2017
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      MACCHIAVELLO, Marianella Fernanda Quezada; GARCIA, Antonio Augusto Franco. Construction of a high-density genetic map of Acca sellowiana (Berg.) Burret based on two connected mapping populations. 2017.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2017. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-16032018-121359/ >.
    • APA

      Macchiavello, M. F. Q., & Garcia, A. A. F. (2017). Construction of a high-density genetic map of Acca sellowiana (Berg.) Burret based on two connected mapping populations. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-16032018-121359/
    • NLM

      Macchiavello MFQ, Garcia AAF. Construction of a high-density genetic map of Acca sellowiana (Berg.) Burret based on two connected mapping populations [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-16032018-121359/
    • Vancouver

      Macchiavello MFQ, Garcia AAF. Construction of a high-density genetic map of Acca sellowiana (Berg.) Burret based on two connected mapping populations [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-16032018-121359/

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