From communities to genomes: a multifaceted approach to depict bacterial life in soils (2017)
- Authors:
- Autor USP: LOPES, LUCAS DANTAS - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LSO
- Subjects: BACTÉRIAS; BIODIVERSIDADE; ECOLOGIA DO SOLO; GENOMAS; MICROBIOLOGIA DO SOLO; PSEUDOMONAS; RIZOSFERA
- Language: Inglês
- Abstract: Desvendar a ecologia microbiana do solo é essencial para aumentar a produtividade agrícola sustentável. Estudos baseados em comunidades revolucionaram esse campo nas últimas décadas, mas ainda há muito a ser revelado. Esta tese propôs uma abordagem para aumentar a resolução desses estudos, combinando sequenciamento em larga escala de rDNA 16S e genômica populacional, com o objetivo de explorar mais a fundo as diferenças apontadas por análises de comunidades, assim como superar as limitações do uso de unidades taxonômicas operacionais (UTOs) como entidades ecológicas e introduzir o pensamento evolutivo na ecologia microbiana. Nossa principal meta foi entender as características que tornam as bactérias hábeis em colonizar a rizosfera de cana-de-açúcar ou viver no solo saprofiticamente. Rizosfera e solo são hábitats contrastantes para a vida microbiana, já que são altamente distintos em suas características físicas, químicas e, consequentemente, biológicas. Nossos resultados indicaram que a cana-de-açúcar modifica o microbioma da rizosfera e o metabolismo do ácido D-galacturônico é uma função chave para colonizar este nicho. Dentre os táxons que prevalecem na rizosfera, o gênero Pseudomonas foi escolhido para um estudo mais detalhado, considerando os seus atributos de promoção de crescimento de plantas. Setenta e seis Pseudomonas spp. fluorescentes foram isoladas e submetidas ao sequenciamento do genoma. Uma análise de genômica comparativa foi realizada entre as populaçõesobtidas do solo e rizosfera. As análises filogenéticas classificaram os isolados nos grupos P. fluorescens (57) ou P. putida (19). Doze prováveis novas espécies e dois novos subgrupos propostos de P. fluorescens foram encontrados no solo tropical prospectado. A genômica comparativa revelou que genes de fosfatases e de uso de xilose foram significativamente enriquecidos nas populações da rizosfera e solo do grupo P. fluorescens, respectivamente. O catabolismo do ácido D-galactônico foi maior na população da rizosfera do grupo P. putida, baseado tanto em resultados genotípicos quanto fenotípicos. O crescimento em D-xilose foi mais explorado usando linhagens geneticamente modificadas e confirmou que este açúcar é mais utilizado por membros da população do solo do que da rizosfera no grupo P. fluorescens, um padrão também observado no microbioma do solo. Em resumo, essas descobertas constituem um passo adiante no entendimento da ecologia bacteriana do solo e rizosfera, por superar algumas limitações de análises de comunidades e mostrar diferenças genômicas entre populações bacterianas destes hábitats
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2017
- Data da defesa: 10.07.2017
-
ABNT
LOPES, Lucas Dantas. From communities to genomes: a multifaceted approach to depict bacterial life in soils. 2017. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11140/tde-02012018-141554/. Acesso em: 30 dez. 2025. -
APA
Lopes, L. D. (2017). From communities to genomes: a multifaceted approach to depict bacterial life in soils (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11140/tde-02012018-141554/ -
NLM
Lopes LD. From communities to genomes: a multifaceted approach to depict bacterial life in soils [Internet]. 2017 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11140/tde-02012018-141554/ -
Vancouver
Lopes LD. From communities to genomes: a multifaceted approach to depict bacterial life in soils [Internet]. 2017 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11140/tde-02012018-141554/
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