Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para a análise de fluxos metabólicos empregando carbono marcado (2017)
- Authors:
- Autor USP: OLIVEIRA, RAFAEL DAVID DE - EP
- Unidade: EP
- Sigla do Departamento: PQI
- Subjects: PSEUDOMONAS; METABOLISMO; ANÁLISE DE DADOS
- Language: Português
- Abstract: A 13C-Análise de Fluxos Metabólicos (13C-MFA) tornou-se uma técnica de alta precisão para estimar fluxos metabólicos e obter informações importantes sobre o metabolismo. Este método consiste em procedimentos experimentais, técnicas de medição e em cálculos para análise de dados. Neste contexto, os grupos de pesquisa de engenharia metabólica necessitam de ferramentas computacionais precisas e adequadas aos seus objetos de estudo. No presente trabalho, foi construída uma ferramenta computacional na plataforma MATLAB que executa cálculos de 13C-MFA, com balanços de metabólitos e cumômeros. Além disso, um módulo para estimar os fluxos metabólicos e um módulo para quantificar as incertezas das estimativas também foram implementados. O programa foi validado com dados presentes na literatura e aplicado a estudos de caso. Na estimação de fluxos de Pseudomonas sp. LFM046, identificou-se que esse micro-organismo possivelmente utiliza a Via das Pentoses em conjunto com a Via Entner-Doudoroff para a biossíntese de Polihidroxialcanoato (PHA). No design ótimo de experimentos para uma rede genérica de Pseudomonas, identificou-se a glicose marcada no átomo cinco como um substrato que permitirá determinar o fluxo na Via das Pentoses com menor incerteza.
- Imprenta:
- Data da defesa: 11.10.2017
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ABNT
OLIVEIRA, Rafael David de. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para a análise de fluxos metabólicos empregando carbono marcado. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-05012018-091251/. Acesso em: 28 dez. 2025. -
APA
Oliveira, R. D. de. (2017). Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para a análise de fluxos metabólicos empregando carbono marcado (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-05012018-091251/ -
NLM
Oliveira RD de. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para a análise de fluxos metabólicos empregando carbono marcado [Internet]. 2017 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-05012018-091251/ -
Vancouver
Oliveira RD de. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para a análise de fluxos metabólicos empregando carbono marcado [Internet]. 2017 ;[citado 2025 dez. 28 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/3/3137/tde-05012018-091251/ - Numerical methods for metabolic network models
- Design ótimo de experimentos empregando carbono marcado em pseudomonas sp. LFM046
- Analysis of Poly-3-Hydroxybutyrate production with different microorganisms using the dynamic simulations for evaluation of economic potential approach
- Adaptation of a genome-scale metabolic model to study Saccharomyces cerevisiae anaerobic metabolism
- Parameter estimation in dynamic metabolic models applying a surrogate approximation
- Optimization of PHA production by pseudomonas using 13C-Metabolic flux analysis
- 13C-Metabolic flux analysis reveals an entner-doudoroff pathway cyclic mode in simultaneous production of polyhydroxyalkanoates and rhamnolipids by pseudomonas aeruginosa LFM634
- Development of a computational tool for 13C- Metabolic Flux Analysis
- Glucose metabolism in Pseudomonas aeruginosa is cyclic when producing Polyhydroxyalkanoates and Rhamnolipids
- Oxidation of propionate in Pseudomonas sp. LFM046: relevance to the synthesis of polyhydroxyalkanoates containing odd-chain length monomers and 2-methylisocitrate
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