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Aplicabilidade clínica da técnica de sequenciamento de nova geração com enfoque em displasias esqueléticas (2017)

  • Authors:
  • USP affiliated author: YAMAMOTO, GUILHERME LOPES - FM
  • School: FM
  • Sigla do Departamento: MPE
  • Subjects: SEQUÊNCIA DO DNA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; NUCLEOTÍDEOS; GENÉTICA MÉDICA; DOENÇAS GENÉTICAS; DOENÇAS ÓSSEAS; BIOINFORMÁTICA
  • Keywords: Bone diseases/genetic; Genetic diseases inborn; Genetics; Genetics medical; High-throughput nucleotide sequencing; Neonatal screening; Sequence analysis DNA
  • Language: Português
  • Abstract: INTRODUÇÃO: Na última década surgiu uma nova técnica, o sequenciamento de nova geração, que, contrário ao método tradicional de Sanger, permite o sequenciamento em paralelo e em larga escala de múltiplos genes, ou até mesmo todos os genes humanos, a menor custo e com uma análise mais acelerada. Essa técnica possibilitou a descoberta de novos genes responsáveis por diversas doenças mendelianas, sendo rapidamente incorporada no contexto clínico. OBJETIVOS: comparar os resultados das técnicas de Sanger e sequenciamento de nova geração em amostras controle; introduzir a técnica de sequenciamento de nova geração no contexto clínico nas casuísticas de doenças ósseas genéticas e RASopatias; avaliar a sensibilidade diagnóstica desta técnica em amostras sem dados clínicos fornecidos. MÉTODOS: o sequenciamento de nova geração (sob a forma de um painel de genes customizado ou do exoma) foi realizado em amostras com mutações identificadas previamente por Sanger e em dois grupos de doenças mendelianas, 144 pacientes com doenças ósseas e 79 com RASopatias, além de 90 amostras sem dados clínicos conhecidos (45 casos e 45 controles). A técnica de Sanger foi aplicada em 29 amostras de doenças ósseas e em 81 amostras para confirmação de variantes identificadas pelo sequenciamento de nova geração. RESULTADOS: A sensibilidade da técnica de sequenciamento de nova geração foi estimada em 95,92% e a especificidade em 98,77%. Na casuística de doenças ósseas, a sensibilidade diagnóstica das amostrassequenciadas por Sanger foi de 69% (20/29), por painel customizado, 60% (75/125) e por exoma, 63% (12/19). Na casuística de RASopatias, a sensibilidade diagnóstica através do exoma foi de 46% (36/79). Como resultado deste trabalho, dois genes novos associados a RASopatias (LZTR1 e SOS2) e um associado a uma displasia esquelética (PCYT1A) foram identificados. Na análise das amostras sem conhecimento prévio da hipótese clínica foi obtida uma sensibilidade diagnóstica de 46,67% (21/45), mas que chegou a 73,08% (14/26) para as hipóteses de erros inatos do metabolismo. CONCLUSÕES: Foi demonstrado que a sensibilidade e a especificidade da técnica do sequenciamento de nova geração são altas e correspondentes a valores encontrados por outros grupos na literatura. Essa técnica foi considerada apropriada não apenas no contexto de pesquisa, demonstrado aqui pela descoberta de três novos genes associados a doenças mendelianas, como também para análises clínicas. Neste estudo a técnica foi aplicada com sucesso no contexto clínico, seja pelo painel customizado, seja pelo exoma, com uma positividade semelhante à encontrada pela técnica de Sanger. Mesmo na análise de amostras sem história clínica prévia foi possível identificar variantes patogênicas em quase metade dos casos, e numa porcentagem ainda maior quando a doença era um erro inato do metabolismo. Essa sensibilidade é comparável à obtida pela espectroscopia de massas em Tandem aplicada à triagem de múltiplas condiçõessimultaneamente, o que sugere que a técnica do sequenciamento de nova geração poderá ser incorporada ao programa de triagem neonatal no futuro, ampliando o emprego de testes genéticos em complementaridade aos testes bioquímicos tradicionais
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 26.09.2017
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    • ABNT

      YAMAMOTO, Guilherme Lopes; BERTOLA, Débora Romeo. Aplicabilidade clínica da técnica de sequenciamento de nova geração com enfoque em displasias esqueléticas. 2017.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5141/tde-18122017-091713/ >.
    • APA

      Yamamoto, G. L., & Bertola, D. R. (2017). Aplicabilidade clínica da técnica de sequenciamento de nova geração com enfoque em displasias esqueléticas. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5141/tde-18122017-091713/
    • NLM

      Yamamoto GL, Bertola DR. Aplicabilidade clínica da técnica de sequenciamento de nova geração com enfoque em displasias esqueléticas [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5141/tde-18122017-091713/
    • Vancouver

      Yamamoto GL, Bertola DR. Aplicabilidade clínica da técnica de sequenciamento de nova geração com enfoque em displasias esqueléticas [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5141/tde-18122017-091713/

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