Coarse-grained modeling with constant pH of the protein complexation phenomena (2017)
- Authors:
- Autor USP: CUEVAS, SERGIO ALEJANDRO POVEDA - Interunidades em Bioinformática
- Unidade: Interunidades em Bioinformática
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS
- Keywords: Coarse-grained model; Complexação de proteína; Computer simulation; Modelagem molecular; Modelo de granulidade grossa; Molecular modeling; Monte Carlo; Monte Carlo; Protein complexation; Second virial coefficient B2; Segundo coeficiente de virial B2; Simulação computacional
- Agências de fomento:
- Language: Inglês
- Abstract: Estudos teóricos dos mecanismos moleculares responsáveis pela formação e estabilidade dos complexos de proteínas vêm ganhando importância devido às suas aplicações práticas no entendimento da base molecular de várias doenças, em engenharia de proteínas e biotecnologia. O objetivo deste projeto é analisar criticamente e aperfeiçoar um campo de força de granulidade grossa para interação proteína-proteína com base em propriedades termodinâmicas experimentais e aplicá-lo ao sistema proteico S100A4 relacionado com o câncer. Nosso objetivo final é gerar conhecimento para uma melhor compreensão dos mecanismos físicos responsáveis pelas associações de proteínas particulares em diferentes ambientes. Estudamos o papel das interações de curto e longo alcance na complexação de homo-associações. Além disso, analisamos a influência do pH e sua correlação com o mecanismo de regulação de cargas. Por meio de simulações Monte Carlo, analisamos e refinamos o parametro ajustável de Lennard-Jones para um modelo mesoscópico, usando dados experimentais do segundo virial para a lisozima, o quimotripsinogênio e a ribonuclease A. A partir disso, a proteína S100A3 foi usada para testar os novos parâmetros calibrados. Finalmente, foi avaliado o processo de dimerização das proteínas S100A4, observando o papel de algumas variáveis físico-químicas envolvidas na estabilidade termondinâmica de diferentes oligómeros
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2017
- Data da defesa: 10.04.2017
-
ABNT
POVEDA CUEVAS, Sergio Alejandro. Coarse-grained modeling with constant pH of the protein complexation phenomena. 2017. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2017. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09062017-123617/. Acesso em: 31 dez. 2025. -
APA
Poveda Cuevas, S. A. (2017). Coarse-grained modeling with constant pH of the protein complexation phenomena (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09062017-123617/ -
NLM
Poveda Cuevas SA. Coarse-grained modeling with constant pH of the protein complexation phenomena [Internet]. 2017 ;[citado 2025 dez. 31 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09062017-123617/ -
Vancouver
Poveda Cuevas SA. Coarse-grained modeling with constant pH of the protein complexation phenomena [Internet]. 2017 ;[citado 2025 dez. 31 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09062017-123617/ - Structural Bioinformatics studies of the Zika virus non-structural protein 1 and its molecular interactions
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