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Caravela: um navegador para metagenomas (2017)

  • Authors:
  • Autor USP: SILVA, GIANLUCA MAJOR MACHADO DA - BIOINFORMÁTICA
  • Unidade: BIOINFORMÁTICA
  • Subjects: BIOINFORMÁTICA; ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS
  • Keywords: Bioinformatics; Browser; Desenvolvimento de software; Development; Ferramenta; Metagenomic; Metagenômica; Navegador; Software; Tools
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: Metagenômica é a técnica que permite analisar os genomas de microorganismos que habitam determinados nichos do ambiente sem a necessidade de isolar e cultivar cada um separadamente. Ao conjunto de microorganismos que habita um determinado nicho se dá o nome de microbi- oma. Análises do perfil da diversidade taxonômica e funcional de comunidades microbianas em microbiomas são comuns em estudos de metagenômica. No entanto, atualmente as plata- formas de uso geral (como MG-RAST e IMG/M) tendem a separar as análises baseadas em reads (sequências não montadas) das baseadas em contigs (sequências montadas), isto dificulta as análises destes dados. Motivado por esta separação, desenvolvemos uma plataforma web, batizada de CARAVELA, que facilita a conexão entre os resultados de análises de diversidade taxonômica e funcional baseadas em reads e contigs respectivamente. Uma das principais fun- ções da plataforma CARAVELA é associar a identificação taxonômica de cada read com o contig que este read faz parte e, anotações funcionais do contig, quando existirem. Essa função deve permitir a rápida identificação de contigs potencialmente quiméricos bem como contigs taxonomicamente bem resolvidos. Também é possvel fazer buscas, tais como: listar todos os contigs que tenham um ou mais reads classificados como Pseudoxanthomonas suwonensis em sua composição e ainda, é possvel navegar nos contigs de maneira similar a navegadores de metagenomas tradicionais. Podem ser utilizados como arquivos deentrada a sada de outros programas, desde que o formato atenda certos padrões. A plataforma CARAVELA foi desenvol- vida com Java, HTML, CSS, Javascript e Mysql, e com o fim de testar a ferramenta, utilizamos o conjunto de dados metagnômicos obtidos a partir da operação de compostagem do Parque Zoológico de São Paulo
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 12.06.2017
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      SILVA, Gianluca Major Machado da; SETUBAL, João Carlos. Caravela: um navegador para metagenomas. 2017.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26092017-075422/ >.
    • APA

      Silva, G. M. M. da, & Setubal, J. C. (2017). Caravela: um navegador para metagenomas. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26092017-075422/
    • NLM

      Silva GMM da, Setubal JC. Caravela: um navegador para metagenomas [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26092017-075422/
    • Vancouver

      Silva GMM da, Setubal JC. Caravela: um navegador para metagenomas [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-26092017-075422/

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