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Noninvasive prenatal test for detection of genetic diseases using next-generation sequencing (2017)

  • Authors:
  • USP affiliated authors: SILVA, CAROLINA MALCHER AMORIM DE CARVALHO - IB
  • Unidades: IB
  • Sigla do Departamento: BIO
  • Subjects: DOENÇAS GENÉTICAS; DIAGNÓSTICO PRÉ-NATAL; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; DNA; CROMOSSOMOS; FETO; MUTAÇÃO GENÉTICA
  • Keywords: Fração fetal; Mutação de ponto; Sequenciamento de nova geração; Teste pré-natal não invasivo; Trisomia
  • Language: Inglês
  • Abstract: Desde 2011 a área de diagnóstico pré-natal sofreu uma revolução com a introdução de teste pré-natal não-invasivo (NIPT) de doenças genéticas, que se baseia na análise de DNA fetal livre de células presente no plasma materno. Apesar de estar disponível no Brasil, nós dependemos em terceirizar a tecnologia desenvolvida no exterior, ou o teste em si. Sendo assim, nosso objetivo foi desenvolver e implementar um teste NIPT abrangente utilizando sequenciamento de nova geração de alta cobertura targeted para: 1) estimar fração fetal; 2) determinar sexo fetal; 3) detectar trissomia; 4) detectar doença monogênica. Nós desenvolvemos um modelo robusto e preciso (r2= 0.994, p-value < 2.2e-16) para estimativa de fração fetal baseado na distribuição da fração alélica de SNPs. Nós utilizamos Z-score para determinação de sexo fetal (100% de precisão) e detecção de trissomia dos cromossomos 21 (T21) e 18 (T18), atingindo uma sensibilidade de 100% (95% IC: 63.06% - 100.00%) e especificidade de 98.53% (95% IC: 92.08% - 99.96%) para T21, e 40% (95% IC: 5.27% - 85.34%) e 98.59% (95% IC: 92.40% - 99.96%) para T18. Para detecção de doença monogênica (displasia esquelética) nós realizamos análise de variante, com uma taxa de detecção de 71% (5/7). Até onde sabemos, este é o primeiro trabalho a integrar todas as análises em um único teste, e a realizar detecção de doença monogênica sem utilizar genótipo parental. Nós mostramos neste trabalho que é possível implementar essas técnicas no nosso país,utilizando recursos disponíveis e/ou desenvolvendo colaborações com grupos referência internacionais. Isto demonstra o potencial de desenvolver tecnologias internas, e aplicá-las à outras áreas não-invasivas, como diagnóstico e monitoramento de câncer e rejeição de transplante
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 09.08.2017

  • How to cite
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    • ABNT

      SILVA, Carolina Malcher Amorim de Carvalho; BUENO, Maria Rita dos Santos e Passos; ZATZ, Mayana. Noninvasive prenatal test for detection of genetic diseases using next-generation sequencing. 2017.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2017. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-17102017-164404/ >.
    • APA

      Silva, C. M. A. de C., Bueno, M. R. dos S. e P., & Zatz, M. (2017). Noninvasive prenatal test for detection of genetic diseases using next-generation sequencing. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-17102017-164404/
    • NLM

      Silva CMA de C, Bueno MR dos S e P, Zatz M. Noninvasive prenatal test for detection of genetic diseases using next-generation sequencing [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-17102017-164404/
    • Vancouver

      Silva CMA de C, Bueno MR dos S e P, Zatz M. Noninvasive prenatal test for detection of genetic diseases using next-generation sequencing [Internet]. 2017 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41131/tde-17102017-164404/


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