Development of a DNA microarray platform for the detection of viruses transmitted by small mammals and arthropods (2015)
- Authors:
- Autor USP: KHAN, MOHD JASEEM - FCFRP
- Unidade: FCFRP
- Sigla do Departamento: 602
- Subjects: FARMÁCIA; DNA; MAMÍFEROS; ARTRÓPODES; VÍRUS
- Keywords: Arthropods; Artrópodes; DNA Microarray; Microarranjo de DNA; Pequenos mamíferos; Small mammals; Virus
- Language: Inglês
- Abstract: As atividades humanas têm sido responsável por mudanças ambientais globais, resultando num aumento do número de casos de doenças transmitidas por vetores e roedores em todo o mundo. Os vírus transmitidos por roedores e artrópodes são vírus emergentes e re-emergentes de importância global, sendo que a maioria deles são vírus de RNA. O diagnóstico eficiente e precoce dessas infecções são muito importantes para evitar a sua propagação, para melhorar o manejo clínico dos pacientes e também, para proteger o gado e os animais domésticos. Atualmente, os métodos de diagnóstico disponíveis, tais como os imunoensaios, a reação em cadeia da polimerase e o isolamento viral podem detectar apenas um ou poucos vírus em um único ensaio. A plataforma de microarranjo de DNA tem surgido como uma ferramenta de diagnóstico apropriada para o monitoramento em larga escala de agentes patogênicos. O objetivo deste estudo foi desenvolver uma plataforma de microarranjo de DNA (RoboArboVirusChip) para a detecção de vírus transmitidos por roedores e artrópodes, os quais pertencem a sete famílias: Bunyaviridae (gêneros Orthobunyavirus, Nairovirus e Phlebovírus), Flaviviridae (gênero Flavivirus), Togaviridae (gênero Alphavirus), Reoviridae (gênero Orbivirus, Seadornavirus e Coltvivirus), Rhabdoviridae (géneros Vesiculovirus e Ephemerovirus), e Asfarviridae (gênero Asfarvirus). Sondas oligonucleotídicas de 60-mer (n=4209) específicas contra 412 espécies virais, e sondas genéricas de 25-35-mer (n=87) paradetecção de vírus a nível do gênero foram desenhados. Um total de 17 vírus de referência, pertencentes às famílias Bunyaviridae, Flaviviridae, Rhabdoviridae e Togaviridae foram utilizados para padronizar o RoboArboVirusChip. Todos os vírus de referência foram detectados especificamente sem apresentação de hibridação cruzada, porem as sondas genéricas não foram capazes de detectar os vírus a nível do gênero. O RoboArboVirusChip foi capaz de identificar especificamente quatro vírus contidos em diferentes misturas: i) vírus de diferentes famílias, ii) vírus pertencentes ao gênero a Flavivirus, e iii) os sorotipos do vírus da dengue (DENV). Os quatro sorotipos do DENV foram utilizados para determinar a sensibilidade do RoboArboVirusChip, o qual foi capaz de detectar um mínimo de 25 copias de RNA/mL. A aplicabilidade do RoboArboVirusChip para detectar vírus em amostras clínicas foi avaliada testando amostras de soro de pacientes com suspeita de dengue (quatro casos positivos e 40 casos negativos). Os resultados obtidos neste estudo sugerem que o RoboArboVirusChip poderá ser uma ferramenta útil para o diagnóstico precoce da infecção causada por robovírus e arbovírus, auxiliando na rápida implementação de estratégias de contenção das doenças causadas por esses vírus
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2015
- Data da defesa: 01.12.2015
-
ABNT
KHAN, Mohd Jaseem. Development of a DNA microarray platform for the detection of viruses transmitted by small mammals and arthropods. 2015. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2015. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60135/tde-04052017-153411/. Acesso em: 29 dez. 2025. -
APA
Khan, M. J. (2015). Development of a DNA microarray platform for the detection of viruses transmitted by small mammals and arthropods (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60135/tde-04052017-153411/ -
NLM
Khan MJ. Development of a DNA microarray platform for the detection of viruses transmitted by small mammals and arthropods [Internet]. 2015 ;[citado 2025 dez. 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60135/tde-04052017-153411/ -
Vancouver
Khan MJ. Development of a DNA microarray platform for the detection of viruses transmitted by small mammals and arthropods [Internet]. 2015 ;[citado 2025 dez. 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60135/tde-04052017-153411/
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
