Unraveling important genetic associations and differential methylation profiles using reduced genome sequencing in chickens (2016)
- Authors:
- Autor USP: PéRTILLE, FáBIO - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LZT
- Subjects: GALINHAS; GENOMAS; MELHORAMENTO GENÉTICO ANIMAL; SEQUÊNCIA DO DNA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Language: Inglês
- Abstract: A galinha é um organismo modelo ideal para melhorar o entendimento de diversas áreas da pesquisa como: filogenética, embriologia, biomedicina, pecuária, e tem sido recentemente sugerida como um modelo promissor para estudos em epigenética. Na pecuária, as galinhas são fonte de proteína para os seres humanos e tem sido alvo de seleção para alcançar um alto padrão de produção com base no melhoramento genético tradicional. Mas agora, estamos na era genômica e epigenômica e as atenções devem ser voltadas para o uso de novas ferramentas para melhorar a seleção não só pensando em produção, mas também na saúde e bem-estar dos animais. O uso de abordagens moleculares, tem sido uma ferramenta fundamental para compreender modelos biológicos e melhorar as estratégias de seleção baseadas na informação genômica em programas de melhoramento. Abordagens moleculares, também tem contribuído para a compreensão da história evolutiva desses modelos e os mecanismos genéticos e epigenéticos envolvidos no processo de evolução e diversificação genética das galinhas. Neste contexto, tecnologias evoluíram para produção de dados de sequenciamento de alto rendimento por sequenciamento de próxima geração (NGS). NGS forneceu uma grande quantidade de informação a ser utilizado para diversos fins, como para detectar polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e perfis de metilação diferencial do DNA em galinhas. NGS tem permitido também o desenvolvimento de painéis de SNP para testes de associações genômicaampla (GWAS) com fenótipos específicos de interesse. Embora NGS tem poder suficiente para detectar polimorfismos informativos, o seu elevado custo o torna impraticável para ser utilizado em GWAS ou estudos de metilação diferencial por sequenciamento de DNA metilado por imunoprecipitação (MeDIPseq). A procura de um método de genotipagem eficiente, simples, econômico e confiável para descoberta, caracterização e validação de SNPs, foi a razão para o desenvolvimento deste estudo. Utilizamos sequenciamento do genoma reduzido por enzima de restrição (RE) que cliva o genoma alvo para identificação de SNPs nestas bibliotecas reduzidas e aplicação deste método em GWAS. Em seguida, para combinar a representação reduzida do genoma com o método MeDIPS, desenvolvemos uma nova abordagem para a realização de estudos de metilação diferencial utilizando as bibliotecas reduzidas. Estes trabalhos permitiram a identificação de SNPs associados com características de desempenho e janelas de metilação diferencial relacionados a diferentes condições de manejo em galinhas
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2016
- Data da defesa: 01.11.2016
-
ABNT
PÉRTILLE, Fábio. Unraveling important genetic associations and differential methylation profiles using reduced genome sequencing in chickens. 2016. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-29112016-121348/. Acesso em: 22 jul. 2024. -
APA
Pértille, F. (2016). Unraveling important genetic associations and differential methylation profiles using reduced genome sequencing in chickens (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-29112016-121348/ -
NLM
Pértille F. Unraveling important genetic associations and differential methylation profiles using reduced genome sequencing in chickens [Internet]. 2016 ;[citado 2024 jul. 22 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-29112016-121348/ -
Vancouver
Pértille F. Unraveling important genetic associations and differential methylation profiles using reduced genome sequencing in chickens [Internet]. 2016 ;[citado 2024 jul. 22 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-29112016-121348/ - Identificação de polimorfismos associados às características de desempenho e carcaça no cromossomo 4 da galinha (Gallus gallus)
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