Transcriptoma da glândula mucosa de Rhinella schneideri (2016)
- Authors:
- Autor USP: SHIBAO, PRISCILA YUMI TANAKA - FCFRP
- Unidade: FCFRP
- Sigla do Departamento: 604
- Subjects: RNA; VENENOS; PRODUTOS NATURAIS
- Keywords: NGS; Poison; Rhinella schneideri; Rhinella schneideri; Transcriptoma; Transcriptome; Veneno
- Language: Português
- Abstract: Bibliotecas de produtos naturais são fontes de moléculas com ações farmacológicas, com diversas aplicações biotecnológicas. Estes compostos apresentam alta especificidade para o alvo, resultante de longo processo de seleção natural, sendo interessantes como ferramentas de estudo e princípios ativos. Porém, apesar da riqueza de estruturas presentes em tais sacreções, as dificuldades em obter moléculas puras em grandes quantidades, o alto custo e o tempo de purificação, tornam-se barreiras para seu uso. Assim, cada vez mais, as técnicas ômicas são usadas como uma alternativa para produção destas toxinas obtidas em maior escala. A transcriptômica, técnica que consiste na produção de biblioteca de cDNA a partir do RNA obtido da de organismo, tecido ou célula de interesse, é altamente relevante, já que identifica o material proteico que é realmente transcrito a partir do RNA obtido em determinado tempo e situação. Sapos ainda são animais pouco estudados, quando comparados a outros animais peçonhentos e venenosos, e um dos fatores responsáveis por isso é o baixo rendimento na purificação de toxinas de seu veneno. A fim de se identificar componentes presentes nas sacreções do sapo R. schneideri, foi, primeiramente, realizada extração de RNA poli A+ das sacreções recém obtidas das glândulas mucosas e das sacreções armazenadas por 2 anos no laboratório. A secreção armazenada há dois anos revelou qualidade e quantidade mais apropriadas para o estudo e foi, portanto, usada como material de partida para a construção do transcriptoma por metodologia tradicional. Este transcriptoma resultou em 6 clones com boa qualidade, sendo que um deles, Rs02, apresentou similaridade com a região do pró peptideo da odorranaina. Uma vez que este transcriptoma não revelou resultados satisfatórios devido à sua baixa eficiência e visando maximizar o conhecimentosobre a secreção, um novo transcriptoma foi construído usando sequenciamento de nova geração, com sequenciador lllumina e RNA total extraido do tegumento contendo glândulas mucosas de um espécime como material de partida. O novo transcriptoma resultou em aproximadamente 131 milhões de reads brutos. Os reads foram filtrados de modo que apenas aqueles com boa qualidade (Q>20) fossem submetidos à montagem de novo. Esta etapa resultou em aproximadamente 130 milhões de reads, com média de 68 pb. Os reads foram então agrupados em contigs usando o programa SOAPdenovo2-Trans e submetidos a diversas abordagens de anotação funcional. Foram encontrados cDNAs codificantes de diversos peptideos e proteínas com potencial aplicação biotecnológica. Além da abordagem ômica, ensaios de caracterização bioquímica, como atividade enzimática, cromatografia e eletroforese, auxiliaram a detecção de protease sem relatos prévios em sacreções de sapo, uma fosfolipase Aí, bem como lectina e galectina. Adicionalmente, através do transcriptoma foram identificadas cobatoxinas, mucinas e ficolinas. Portanto, este trabalho foi pioneiro no entendimento molecular do veneno da glandula mucosa de R. schneideri por métodos de vanguarda e análises bioquimicas
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2016
- Data da defesa: 05.08.2016
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ABNT
SHIBAO, Priscila Yumi Tanaka. Transcriptoma da glândula mucosa de Rhinella schneideri. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60134/tde-05102016-152217/. Acesso em: 09 nov. 2024. -
APA
Shibao, P. Y. T. (2016). Transcriptoma da glândula mucosa de Rhinella schneideri (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60134/tde-05102016-152217/ -
NLM
Shibao PYT. Transcriptoma da glândula mucosa de Rhinella schneideri [Internet]. 2016 ;[citado 2024 nov. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60134/tde-05102016-152217/ -
Vancouver
Shibao PYT. Transcriptoma da glândula mucosa de Rhinella schneideri [Internet]. 2016 ;[citado 2024 nov. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60134/tde-05102016-152217/
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