Análise e anotação do genoma de Epicoccum nigrum e metabolismo secundário (2016)
- Authors:
- Autor USP: FERREIRA, ALMIR JOSé - ICB
- Unidade: ICB
- Sigla do Departamento: MICROBIOLOGIA
- Subjects: GENOMAS; ASCOMYCOTA; METABOLISMO SECUNDÁRIO; RNA MENSAGEIRO
- Keywords: Epicoccum nigrum; Epicoccum nigrum; Annotation; Anotação; Bioinformática; Bioinformatics; Genoma; Genome; Metabólitos secundários; Secondary metabolites; Transcriptoma; Transcriptome
- Language: Português
- Abstract: O fungo endofítico Epicoccum nigrum atua no biocontrole de fitopatógenos e produz uma série de compostos com de interesse biotecnológico como antimicrobianos. Neste trabalho, foi utilizado um conjunto de sequências genômicas previamente montadas. As sequências foram anotadas para compreensão funcional utilizando a plataforma EGene2 incluindo alguns componentes específicos desenvolvido neste trabalho. Foram estimados 10.320 genes codificadores de proteínas, além de tRNAs, rRNAs e ncRNAs. As proteínas preditas foram comparadas aos proteomas de outros fungos e comparadas filogeneticamente. Além disso, foi desenvolvido Synteny Clusters, um programa que compara clusters de genes de metabólitos secundários aos de outros fungos. E. nigrum apresenta grande similaridade com outros fungos com estilo de vida distinto. Foram identificados três clusters de genes relacionados a doenças que estão presentes em fitopatógenos e ausentes em E. nigrum. Os resultados sugerem que as diferenças entre endófitos e fitopatógenos pode estar relacionada a um pequeno número de genes
- Imprenta:
- Data da defesa: 06.07.2016
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ABNT
FERREIRA, Almir José. Análise e anotação do genoma de Epicoccum nigrum e metabolismo secundário. 2016. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-08112016-162202/. Acesso em: 11 out. 2024. -
APA
Ferreira, A. J. (2016). Análise e anotação do genoma de Epicoccum nigrum e metabolismo secundário (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-08112016-162202/ -
NLM
Ferreira AJ. Análise e anotação do genoma de Epicoccum nigrum e metabolismo secundário [Internet]. 2016 ;[citado 2024 out. 11 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-08112016-162202/ -
Vancouver
Ferreira AJ. Análise e anotação do genoma de Epicoccum nigrum e metabolismo secundário [Internet]. 2016 ;[citado 2024 out. 11 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42132/tde-08112016-162202/
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