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Characterization of HIPSTR highlights the heterogeneous expression pattern of lncRNAs in human embryos and stable cell lines (2016)

  • Authors:
  • Autor USP: YUNUSOV, DINAR - IQ
  • Unidade: IQ
  • Sigla do Departamento: QBQ
  • Subjects: EXPRESSÃO GÊNICA; RNA; EMBRIÃO
  • Language: Inglês
  • Abstract: Tem sido cada vez mais reconhecido que a transcrição dos genomas eucarióticos produz múltiplos transcritos novos, anteriormente não detectados e ainda não caracterizados, sendo que a maioria é constituida de RNAs não-codificantes longos (lncRNAs) regulatórios. Estudos recentes estão focados principalmente nos lncRNAs transcritos de regiões intergênicas e enhancers; assim, o grupo dos lncRNAs antisenso permanece o menos estudado de todos. Ao mesmo tempo, a transcrição antisenso ocorre em até 74% dos loci de genes humanos, frequentemente - a partir da fita oposta de genes que codificam proteínas envolvidas na regulação da transcrição. No presente trabalho, nós identificamos HIPSTR (Heterogeneously expressed from the Intronic Plus Strand of the TFAP2A-locus RNA), um lncRNA novo conservado que é transcrito a partir da fita antisenso do gene TFAP2A. Ao contrário do anteriormente relatado para os lncRNAs antisenso, a expressão de HIPSTR não está correlacionada com a expressão do gene da fita oposta. HIPSTR e TFAP2A são co-expressos em células da crista neural e em trofoblastos derivadas in vitro, mas somente HIPSTR e não TFAP2A está especificamente expresso num subconjunto de células de embriões humanos nos estágios de 8-células e mórula. Mostramos que, semelhante a HIPSTR, a expressão de lncRNAs é mais altamente heterogênea que a expressão de mRNAs em células individuais de embriões humanos em desenvolvimento ou em linhagens estáveis de células. Finalmente, nós demonstramos que a depleção de HIPSTAR em células HEK293 e "H1 IND.BP", uma linhagem de células tronco embrionárias humanas, afeta predominantemente os níveis de genes envolvidos no início do desenvolvimento do organismo e na diferenciação de células. No conjunto, nós mostramos que a expressão de HIPSTR e de centenas de outros lncRNAs é altamente heterogênea em embriões humanos e linhagens celulares. Usamos HIPSTRpara exemplificar a relevância funcional de lncRNAs com padrões de expressão heterogêneos e estágio-de-desenvolvimento específicos
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 10.06.2016
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      YUNUSOV, Dinar; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio. Characterization of HIPSTR highlights the heterogeneous expression pattern of lncRNAs in human embryos and stable cell lines. 2016.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2016. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-22082016-083421/ >.
    • APA

      Yunusov, D., & Verjovski-Almeida, S. (2016). Characterization of HIPSTR highlights the heterogeneous expression pattern of lncRNAs in human embryos and stable cell lines. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-22082016-083421/
    • NLM

      Yunusov D, Verjovski-Almeida S. Characterization of HIPSTR highlights the heterogeneous expression pattern of lncRNAs in human embryos and stable cell lines [Internet]. 2016 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-22082016-083421/
    • Vancouver

      Yunusov D, Verjovski-Almeida S. Characterization of HIPSTR highlights the heterogeneous expression pattern of lncRNAs in human embryos and stable cell lines [Internet]. 2016 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46131/tde-22082016-083421/

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