Tese

Sequenciamento e análise da variabilidade genética de vírus transmitidos por ácaros do gênero Brevipalpus no Brasil (2016)

• Authors:
  • Jesus, Camila Chabí de
  • Astúa, Juliana de Freitas (Orientador)
• Autor USP: JESUS, CAMILA CHABÍ DE - ESALQ
• Unidade: ESALQ
• Sigla do Departamento: LGN
• Subjects: ÁCAROS PARASITOS DE PLANTAS; CAFÉ; FRUTA CÍTRICA; LEPROSE; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; VARIAÇÃO GENÉTICA; VÍRUS DE PLANTAS
• Keywords: Mancha anular do cafeeiro
• Language: Português
• Abstract: Acredita-se que o Brasil é o centro de diversidade de vírus transmitidos por ácaros do gênero Brevipalpus (VTB). Alguns desses VTB infectam culturas fundamentais para o agronegócio brasileiro como citros e café, além de maracujá e de várias plantas ornamentais. Na última década os genomas de dois deles, Citrus leprosis virus C (CiLV-C) e Coffee ringspot virus (CoRSV) foram sequenciados, mas ainda é escasso o conhecimento sobre a diversidade genética e processos evolutivos envolvidos na população dessas espécies. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi caracterizar molecularmente novas estirpes de CiLV-C e CoRSV que infectam citros e café, respectivamente. E revelar as relações filogenéticas com espécies de VTB conhecidas, assim como avaliar a variabilidade genética da população de CiLVC no Brasil. Para o estudo de CiLV-C, 47 amostras de Citrus sinensis apresentando sintomas típicos da leprose dos citros foram coletadas em diferentes regiões do Brasil no período de 2011-2015. A presença de CiLV-C foi detectada por RT-PCR em todas as amostras coletadas e, posteriormente, foi realizado o sequenciamento de quatro regiões do genoma viral (p29, p15, RI e MP) de cada isolado. As sequências obtidas foram utilizadas no estudo de filogenia e variabilidade da população de CiLV-C no Brasil. Foi demonstrado que a população de CiLV-C apresenta uma variabilidade relativamente baixa; entretanto, foi identificada a existência de duas linhagens dentro da espécie, nomeadas Cor e SJRP. Osgenomas completos de CiLV-C SJRP e também do dicorhavirus tentativo CoRSV identificado em Limeira, SP, foram obtidos mediante o sequenciamento de RNA de pequeno tamanho (siRNA). Cada sequência foi validada mediante o sequenciamento de fragmentos gerados por RT-PCR ao longo do genoma. CiLV-C SJRP apresenta cerca de 85% de identidade de nucleotídeo com o membro-tipo do gênero Cilevirus e exibe evidências de recombinação com isolados da linhagem Cor, a prevalente no território brasileiro. Globalmente, o genoma de CoRSV Limeira apresenta mais de 90% de identidade de nucleotídeo com isolado CoRSV Lavras, o que indica que ambos os isolados são membros da mesma espécie tentativa de dichorhavirus
• Imprenta:
  • Publisher place: Piracicaba
  • Date published: 2016
• Data da defesa: 20.01.2016


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• ABNT

  JESUS, Camila Chabí de. Sequenciamento e análise da variabilidade genética de vírus transmitidos por ácaros do gênero Brevipalpus no Brasil. 2016. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2016. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-28032016-114521/. Acesso em: 30 dez. 2025.

• APA

  Jesus, C. C. de. (2016). Sequenciamento e análise da variabilidade genética de vírus transmitidos por ácaros do gênero Brevipalpus no Brasil (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-28032016-114521/

• NLM

  Jesus CC de. Sequenciamento e análise da variabilidade genética de vírus transmitidos por ácaros do gênero Brevipalpus no Brasil [Internet]. 2016 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-28032016-114521/

• Vancouver

  Jesus CC de. Sequenciamento e análise da variabilidade genética de vírus transmitidos por ácaros do gênero Brevipalpus no Brasil [Internet]. 2016 ;[citado 2025 dez. 30 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-28032016-114521/

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