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Genetic profile analysis of tumor stem cells in locally advanced breast cancer (2015)

  • Authors:
  • USP affiliated author: SILVEIRA, WILLIAN ABRAHAM DA - FMRP
  • School: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGO
  • Subjects: NEOPLASIAS MAMÁRIAS; CÉLULAS-TRONCO; TRANSCRIÇÃO GÊNICA
  • Keywords: Breast cancer; Stem cell; System Biology; Transcriptome; Biologia Sistêmica; Cancêr de Mama; Transcriptoma
  • Language: Inglês
  • Abstract: INTRODUÇÃO: O cancer de mama é no mundo o câncer mais comum em mulheres e a disseminação metastática é o principal fator relacionado com a morte pela doença. Acreditasse que as células tronco do câncer de mama - bCSC, na sigla em inglês e definida neste trabalho com a população ALDH1high/LIN-/ESA+ - é responsável pela metástase e pela quimioresistência. O objetivo deste trabalho é encontrar genes que são essenciais para o controle do fenótipo das bCSC, em particular fatores de transcrição. MATERIAIS E MÉTODOS: Nesse trabalho nós utlizamos dois grupos de datasets com dados do transcriptoma, o grupo de datasets de descoberta contém um dataset gerado por nós com 3 amostras pareadas comparando as bCSC com o tumor total (My Data - bCSC/Bulk dataset), um dataset com 8 amostras pareadas comparando as bCSC com as células cancerígenas (Wicha - bCSC/CC dataset) e um dataset com 115 amostras de tecido de câncer de mama (Clinical Response dataset). O segundo grupo, grupo de validação, contém o dataset BRCA-TCGA com 621 amostras, as 4142 amostras de câncer de mama da ferramenta Kmplot, as 17 amostras humanas primárias do subtipo BasL e sua informação sobre a geração, ou não, de tumores em camundongos imunosuprimidos e a análise de linhagens celulares (MF10A e HMLE). Para a análise dos dataset utilizamos o test-t pareado no pacote Limma da liguagem R, o algoritmo ARACNE para a inferência de regulons no dataset “Clinical Response”, a análise MRA-FET para definir os Reguladores Mestres para o fenótipo das bCSC e a análise GSEA para identificar o significado biológico de nosso achados nos diferentes datasets. RESULTADOS E DISCUSSÃO: Nós identificamos 12 TFs como reguladores mestres, com 9 deles formando duas redes altamente conectadas, uma positivamente relacionada ao fenótipo bCSC formada por SNAI2, TWIST, PRRX1, BNC2 e TBX5 com seus regulons, e definida aqui como a“rede de transcrição mesenquimal”, e uma rede correlacionada negativamente, formada por SCML4, ZNF831, SP140 e IKZF3, definida aqui como a “rede de transcrição da resposta imune” e totalmente desconhecida da literatura no contexto do câncer de mama. Embora ainda com fraca evidencia, ZEB1 para controlar as duas redes e ser responsável pela expressão de ALDH1 e dos 3 TFs restantes: ID4, HOXA5 e TEAD1. Como mostram seus nomes, e independente do dataset, do subtipo molecular ou da plataforma utilizada, a “rede de transcrição mesenquimal”, parece ser responsável pela manutenção do fenótipo de células tronco cancerígenas e a “rede de transcrição da resposta imune” pela resposta imune adaptativa ao tumor e a um bom prognóstico para as pacientes. CONCLUSÃO: Nós encontramos e descrevemos duas redes de fatores de transcrição que parecem controlar o fenótipo das bCSC, uma delas totalmente desconhecida até agora e relacionada a um bom prognóstico. Nosso achados possuem um claro potencial para uso clínico
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 26.10.2015
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    • ABNT

      SILVEIRA, Willian Abraham da; TIEZZI, Daniel Guimarães. Genetic profile analysis of tumor stem cells in locally advanced breast cancer. 2015.Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2015. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17145/tde-05012016-144854/ >.
    • APA

      Silveira, W. A. da, & Tiezzi, D. G. (2015). Genetic profile analysis of tumor stem cells in locally advanced breast cancer. Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17145/tde-05012016-144854/
    • NLM

      Silveira WA da, Tiezzi DG. Genetic profile analysis of tumor stem cells in locally advanced breast cancer [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17145/tde-05012016-144854/
    • Vancouver

      Silveira WA da, Tiezzi DG. Genetic profile analysis of tumor stem cells in locally advanced breast cancer [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17145/tde-05012016-144854/


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