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Distribuição de agrupamentos gênicos envolvidos na biossíntese de substâncias bioativas no genoma da Fischerella sp. CENA161 (2015)

  • Authors:
  • Autor USP: SILVA, KARINA HECK DA - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LGN
  • Subjects: CYANOPHYTA (BIOSSÍNTESE); GENOMAS; METABOLISMO SECUNDÁRIO; PEPTÍDEOS; TOXINAS
  • Keywords: Cianobactéria
  • Language: Português
  • Abstract: Fischerella é um gênero cianobacteriano de ocorrência em diversos ambientes subaerofíticos que apresenta importância ecológica, evolutiva, biogeoquímica, biotecnológica e ecotoxicológica. O estudo de seu genoma pode levar a uma melhor compreensão de seu metabolismo secundário e de sua capacidade de produção de cianotoxinas e outras moléculas bioativas. A linhagem Fischerella CENA161, isolada de uma nascente de água na região de Piracicaba, foi identificada como produtora do peptídeo hepatotóxico microcistina. Este foi o primeiro relato da produção dessa toxina por esse gênero de cianobactéria. Dessa maneira, este trabalho teve como objetivo sequenciar o genoma da cianobactéria Fischerella CENA161 e realizar sua montagem e a anotação de genes envolvidos com seu metabolismo secundário. Para isso, a linhagem foi tratada com hipoclorito de sódio para remover as bactérias heterotróficas, com posterior esgotamento de pequenos fragmentos em placa de cultura sólida, de forma a isolar a linhagem. Foi realizada a extração de ácido desoxirribonucleico das células tratadas da CENA161 cultivadas em Erlenmeyers contendo meio de cultura líquido BG-110. Uma biblioteca genômica foi construída para o sequenciamento MiSeq e, então, foi realizada a montagem ab initio do genoma com as leituras obtidas. A anotação de genes foi realizada utilizando a ferramenta antiSMASH, para a predição de metabólitos secundários, e também foi realizado o alinhamento de sequências nucleotídicas já conhecidas deoutras linhagens contra o genoma da CENA161, utilizando a ferramenta BLASTN. As moléculas bioativas produzidas pela linhagem foram investigadas através de bioensaios contra bactérias e fungo, e utilizando cromatografia líquida de alta pressão e espectrometria de massas. Os resultados mostraram que a linhagem CENA161 possui, em seu genoma, o agrupamento gênico de biossíntese da microcistina, apresentando os 10 genes descritos primeiramente (mcyA-mcyJ), e alta identidade de suas sequências com as sequências da linhagem Fischerella sp. PCC 9339, embora sua sintenia gênica esteja mais próxima à da linhagem Nostoc sp. 152. Ainda, foram anotados os agrupamentos gênicos de biossíntese de ambiguina (amb), apresentando 25 genes do total de 32 genes descritos para a linhagem Fischerella sp. UTEX 1903, com identidade mínima de 98 % entre as sequências nucleotídicas. Foram encontrados, também, seis genes do total de oito que formam o agrupamento de biossíntese de nostopeptolida (nos), descrito para Nostoc sp. GSV224, e com sintenia diferenciada para a linhagem CENA161. As análises químicas de espectrometria de massas mostraram a produção de sete variantes de microcistina (MC-LR, MC-LL, MC-LA, MC-LM, MC-FR, MC-LAba e [D-Asp3]Mc-LL), essas duas últimas raramente descritas pela literatura. Os bioensaios mostraram bioatividade dos extratos intracelular polar e apolar contra Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Salmonella typhimurium, Burkholderia cepacia, Xanthomonas campestris eCandida albicans. A coleta das frações do extrato apolar por cromatografia líquida revelou bioatividade em três diferentes tempos de aquisição. As frações coletadas do extrato polar evidenciaram o pico de microcistina, constatada a partir da linhagem CENA161 axênica, inclusive. Nossos resultados revelaram a presença de agrupamentos gênicos de síntese de moléculas bioativas e a habilidade da linhagem Fischerella sp. CENA161 em produzir diferentes substâncias bioativas, sintetizadas pela via ribossomal e não ribossomal, em condições axênicas
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 06.10.2015
  • Acesso à fonte
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    • ABNT

      SILVA, Karina Heck da; FIORE, Marli de Fatima. Distribuição de agrupamentos gênicos envolvidos na biossíntese de substâncias bioativas no genoma da Fischerella sp. CENA161. 2015.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2015. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-05012016-105937/ >.
    • APA

      Silva, K. H. da, & Fiore, M. de F. (2015). Distribuição de agrupamentos gênicos envolvidos na biossíntese de substâncias bioativas no genoma da Fischerella sp. CENA161. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-05012016-105937/
    • NLM

      Silva KH da, Fiore M de F. Distribuição de agrupamentos gênicos envolvidos na biossíntese de substâncias bioativas no genoma da Fischerella sp. CENA161 [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-05012016-105937/
    • Vancouver

      Silva KH da, Fiore M de F. Distribuição de agrupamentos gênicos envolvidos na biossíntese de substâncias bioativas no genoma da Fischerella sp. CENA161 [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-05012016-105937/

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