Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos (2015)
- Authors:
- Autor USP: SAITO, SUZANE - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; CARVÃO (DOENÇA DE PLANTA); EXPRESSÃO GÊNICA; FUNGOS FITOPATOGÊNICOS; POLIMORFISMO; GENÉTICA MICROBIANA
- Language: Português
- Abstract: O fungo Sporisorium scitamineum é o agente causador de uma das doenças mais importantes da cultura da cana-de-açúcar, o carvão da cana, e vem sendo alvo de diversos estudos genéticos para a elucidação de seu mecanismo de patogenicidade e interação com o seu hospedeiro. Dentre esses estudos há os que visam acessar a variabilidade genética entre isolados desse fungo utilizando diversos marcadores moleculares, porém todos os experimentos indicaram baixa variabilidade, com exceção de isolados provenientes da Ásia. O primeiro estudo realizado com esse intuito em isolados brasileiros utilizou o tel-RFLP e AFLP, obtendo uma variabilidade de 34 e 3%, respectivamente. O AFLP é muito utilizado para a detecção de variação genética em indivíduos próximos, porém, nesse caso, apresentou baixa variação, o que nos levou a caracterizar, no presente trabalho, os poucos polimorfismos encontrados através dessa técnica. Os fragmentos polimórficos foram reamplificados, sequenciados e caracterizados quanto ao seu contexto genômico. Como essas sequências estão dispersas ao longo do genoma e geralmente estão em regiões intergênicas, foi feita a análise de expressão dos genes vizinhos a esses polimorfismos em três condições distintas. Desses genes, 70% apresentaram maior número de reads mapeadas in planta que em meio de cultura, indicando que são mais importantes durante a interação planta-patógeno. Dessa forma, mesmo havendo uma baixa variabilidade detectada por AFLP, essas diferenças podem serimportantes na regulação desses genes, podendo influenciar na agressividade do patógeno e na sua defesa
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2015
- Data da defesa: 15.09.2015
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ABNT
SAITO, Suzane. Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos. 2015. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2015. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20102015-155648/. Acesso em: 16 out. 2024. -
APA
Saito, S. (2015). Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20102015-155648/ -
NLM
Saito S. Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos [Internet]. 2015 ;[citado 2024 out. 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20102015-155648/ -
Vancouver
Saito S. Caracterização in silico de sequências polimórficas na população de Sporisorium scitamineum e análise da expressão de genes vizinhos aos polimorfismos [Internet]. 2015 ;[citado 2024 out. 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20102015-155648/
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