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Differential expression of genes related with meat tenderness in Nellore cattle (2015)

  • Authors:
  • Autor USP: GONÇALVES, TÁSSIA MANGETTI - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LZT
  • Subjects: GADO NELORE; EXPRESSÃO GÊNICA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO; RNA; PROCESSAMENTO DE DADOS; CARNES E DERIVADOS (QUALIDADE); SOFTWARES
  • Language: Inglês
  • Abstract: A qualidade da carne bovina no Brasil é importante tanto para o consumidor, como para a indústria alimentícia devido à alta competitividade e exigência do mercado nacional e internacional. Portanto, é necessário o desenvolvimento de pesquisas para melhorar a qualidade da carne bovina da raça Nelore (Bos indicus), principalmente a maciez, que é considerada uma das principais responsáveis por agregar valor à carne. Tecnologias de nova geração proporcionam informações precisas, rápidas e baratas de todo genoma, mostrando grande vantagem em relação aos métodos convencionais de sequenciamento e de estudos de expressão gênica. Essas novas tecnologias geram um grande volume de dados, sendo necessário o uso de ferramentas de bioinformática para realizar as análises de sequenciamento e ter uma maior compreensão de mecanismos biológicos de regulação, controle celular, interações gênicas, entre outras aplicações. Em um estudo prévio, foram coletadas amostras do músculo Longissimus dorsi de 790 animais da raça Nelore e foram realizadas avaliações da força de cisalhamento 24 horas após abate, e com sete e 14 dias de maturação. Com o objetivo de identificar genes diferencialmente expressos (DE), foram selecionadas no total 34 amostras de animais da raça Nelore com valores extremos de valor genético estimado (EBV) para força de cisalhamento (SF), e sequenciados pelo método de sequenciamento de RNA (RNA-Seq) (Illumina HiScanSQ). Neste estudo foi realizado o processamento dos dados geradospelo RNA-Seq através dos softwares QuasiSeq e Cuffdiff. Foram encontrados 22 genes DE para as análises do QuasiSeq e 113 genes DE para as análises do Cuffdiff. Para melhor compreensão dos processos biológicos envolvidos na maciez da carne, análises integrativas identificaram possíveis reguladores que podem explicar a atividade de regulação transcricional neste processo utilizando os métodos do Coeficiente de Correlação Parcial com Teoria da Informação (PCIT), Fator de Impacto Fenotípico (PIF) e Fator de Impacto Regulatório (RIF). Os genes encontrados nas análises análises do PCIT USP2, GBR10, ANO1 e TMBIM4, assim como os microRNAs encontrados nas análises do RIF, bta-mir-133a-2 e bta-mir-22 e os genes de maior valor de PIF MB, ENO3, CA3 podem ser fundamentais para desvendar os complexos mecanismos moleculares que controlam a maciez da carne na raça Nelore
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 09.04.2015
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      GONÇALVES, Tássia Mangetti; COUTINHO, Luiz Lehmann. Differential expression of genes related with meat tenderness in Nellore cattle. 2015.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2015. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-12052015-165345/ >.
    • APA

      Gonçalves, T. M., & Coutinho, L. L. (2015). Differential expression of genes related with meat tenderness in Nellore cattle. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-12052015-165345/
    • NLM

      Gonçalves TM, Coutinho LL. Differential expression of genes related with meat tenderness in Nellore cattle [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-12052015-165345/
    • Vancouver

      Gonçalves TM, Coutinho LL. Differential expression of genes related with meat tenderness in Nellore cattle [Internet]. 2015 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11139/tde-12052015-165345/

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