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Metagenômica de viroma purificado de cepas clínicas de Leishmania (2014)

  • Authors:
  • Autor USP: SILVA, MARCUS VINÍCIUS GOMES DA - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • Sigla do Departamento: RBP
  • Subjects: GENÔMICA; VÍRUS; LEISHMANIA
  • Language: Português
  • Abstract: Existe apenas conhecimento limitado sobre a biologia e o impacto de vírus de RNA que infectam parasitas do género Leishmania. Além disso, não há levantamentos sistemáticos da sua ocorrência em cepas de Leishmania obtidas de hospedeiros vertebrados, nem se sabe se há outros vírus infectando esses protozoários de grande importância em saúde pública. A estratégia de metagenômica permite enumerar genomas de uma comunidade inteira de micro-organismos, assim garantindo acesso ao pool genético dos micro-organismos ali presentes. O presente estudo aplicou estratégias de metagenômica para fazer prospecção de vírus presentes em 60 isolados clínicos (distribuídos em 6 pools) de L. chagasi e L. guyanensis, e em cepas laboratoriais de L. braziliensis, L. major, L. hoogstrali e L. tarentolae. O ‘viroma’ existente nesse isolados de Leishmania foi purificado por métodos físicos e sequenciado por High-Throughput Next Generation Sequencing. Dos 9 milhões de reads gerados pelo sequenciamento 0,35% foram identificados como reads virais, utilizando os bancos de dados do GenBank - BLAST N (nucleotídeos) e BLAST X (proteínas). Dos reads vitais, 57 foram identificados como bacteriófagos (0,85%) presentes em todos os 6 pools. Nos pools 1, 2, 3 e 4, compostos de isolados de L. chagasi, foram identificados 7 reads de papilomavirus humano (0,10%) e 4 reads de lactato dehydrogenase elevating vírus (0,05%). Nos pools 5 e 6, compostos de copas de L. guyanensis, L. braziliensis, L. major, L. hoogstrali e L. tarentolae, foram identificados 2 reads de adenovirus humano (0,02%) e 6635 reads de Leishmania RNA vírus - LRV1 (98,95%). Dois LRVs foram detectados em duas cepas clínicas de L. guyanensis. A análise filogenética com base na região 5’UTR revelou que a cepa clínica de L. guyanensis (601047) tem um LRV com 99,5% de identidade com o genótipo LRV1-8 e a cepa de L. guyanensis (60691) tem um LRV com 98,6%de identidade com o genotipo LRVl-9. O presente estudo mostrou a utilidade de metagenômica para fazer prospecção de viromas purificados de protozoários parasitas. A estratégia permitiu obter sequenciamento dos genomas de dois novos isolados naturais de LRV1-8 e 1-9 em L. guyanensis e detectar a presença de potenciais novos vírus em Leishmania chagasi, abrindo perspectivas de estudo sobre interação vírus-protozoário.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 31.10.2014

  • How to cite
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    • ABNT

      SILVA, Marcus Vinícius Gomes da; ARRUDA NETO, Eurico de. Metagenômica de viroma purificado de cepas clínicas de Leishmania. 2014.Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2014.
    • APA

      Silva, M. V. G. da, & Arruda Neto, E. de. (2014). Metagenômica de viroma purificado de cepas clínicas de Leishmania. Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto.
    • NLM

      Silva MVG da, Arruda Neto E de. Metagenômica de viroma purificado de cepas clínicas de Leishmania. 2014 ;
    • Vancouver

      Silva MVG da, Arruda Neto E de. Metagenômica de viroma purificado de cepas clínicas de Leishmania. 2014 ;

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