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Modelo oculto de Markov para imputação de genótipos de marcadores moleculares: Uma aplicação no mapeamento de QTL utilizando a abordagem bayesiana (2014)

  • Authors:
  • Autor USP: MEDEIROS, ELIAS SILVA DE - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LCE
  • Subjects: GENÓTIPOS; INFERÊNCIA BAYESIANA; MARCADOR MOLECULAR; MAPEAMENTO GENÉTICO; PROCESSOS DE MARKOV
  • Language: Português
  • Abstract: Muitas são as características quantitativas que são, significativamente, influenciadas por fatores genéticos, em geral, existem vários genes que colaboram para a variação de uma ou mais características quantitativas. As informações ausentes a respeito dos genótipos nos marcadores moleculares é um problema comum em estudo de mapeamento genético e, por conseguinte, no mapeamento dos locus que controlam estas características fenotípicas (QTL). Os dados que não foram observados ocorrem, principalmente, devido a erros de genotipagem e de marcadores não informativos. Para solucionar este problema foi utilizado o método do modelo oculto de Markov para inferir estes dados. Os métodos de acurácias evidenciaram o sucesso da aplicação desta técnica de imputa- ção. Uma vez imputado, na inferência bayesiana estes dados não serão mais tratados como uma variável aleatória resultando assim, numa redução no espaço paramétrico do modelo. Outra grande dificuldade no mapeamento de QTL se deve ao fato de que não se conhece ao certo a quantidade destes que influenciam uma dada característica, fazendo com que surjam diversos problemas, um deles é a dimensão do espaço paramétrico e, consequentemente, a obtenção da amostra a posteriori. Assim, com o objetivo de contornar este problema foi proposta a utilização do método Monte Carlo via cadeia de Markov com Saltos Reversíveis, uma vez que este permite flutuar, entre cada iteração, modelos com diferentes quantidades de parâmetros. A utilização daabordagem bayesiana permitiu detectar cinco QTL para a característica estudada. Todas as análises foram implementadas no programa estatístico R
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 28.08.2014
  • Acesso à fonte
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      MEDEIROS, Elias Silva de; LEANDRO, Roseli Aparecida. Modelo oculto de Markov para imputação de genótipos de marcadores moleculares: Uma aplicação no mapeamento de QTL utilizando a abordagem bayesiana. 2014.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2014. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-03102014-141337/ >.
    • APA

      Medeiros, E. S. de, & Leandro, R. A. (2014). Modelo oculto de Markov para imputação de genótipos de marcadores moleculares: Uma aplicação no mapeamento de QTL utilizando a abordagem bayesiana. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-03102014-141337/
    • NLM

      Medeiros ES de, Leandro RA. Modelo oculto de Markov para imputação de genótipos de marcadores moleculares: Uma aplicação no mapeamento de QTL utilizando a abordagem bayesiana [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-03102014-141337/
    • Vancouver

      Medeiros ES de, Leandro RA. Modelo oculto de Markov para imputação de genótipos de marcadores moleculares: Uma aplicação no mapeamento de QTL utilizando a abordagem bayesiana [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-03102014-141337/

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