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Tese

Análise, via RNAseq, do transcritoma do feijoeiro e identificação de genes expressos em resposta à infecção pelo nematoide das galhas (2014)

  • Authors:
  • Autor USP: SANTINI, LUCIANE - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LGN
  • Subjects: FEIJÃO; NEMATOIDES PARASITOS DE PLANTAS; EXPRESSÃO GÊNICA
  • Keywords: Meloidogyne incognita; Phaseolus vulgaris; RNAseq
  • Language: Português
  • Abstract: O feijão-comum (Phaseolus vulgaris) é atacado por uma gama de patógenos que afetam a produtividade das lavouras e a qualidade dos grãos. Dentre os patógenos de importância econômica para a cultura no Brasil, destaca-se o nematoide das galhas (Meloidogyne incognita). Embora haja relatos sobre a avaliação de cultivares na presença de M. incognita, as fontes de resistência tem se mostrado pouco efetivas. Por isso, pesquisas que possibilitem um melhor entendimento sobre a interação planta-nematoide são de extrema valia e devem nortear novas estratégias para o melhoramento do feijoeiro. Assim, no presente estudo, 18 cultivares de P. vulgaris foram avaliadas quanto à resistência a M. incognita raça 3, sendo que quatro comportaram-se como pouco suscetíveis, 11 como moderadamente suscetíveis e três altamente suscetíveis. A cultivar IPR Saracura mostrou menor grau de suscetibilidade e foi, então, usada na construção de 12 bibliotecas de RNAseq, visando à identificação dos genes envolvidos na reposta à infecção pelo nematoide. Foram adotados dois tratamentos, 4 e 10 DAI (dias após inoculação), compostos de plantas inoculadas e controles. Primeiramente, realizou-se o mapeamento dos transcritos de cada biblioteca, tomando como referência o genoma de P. vulgaris (G19833), o que resultou na identificação de 27.195 unigenes. Em seguida, foi realizada a quantificação da expressão dos transcritos mapeados e genes diferencialmente expressos foram identificados. No total, 191 genes dohospedeiro apresentaram expressão diferencial, considerando-se: i) o tratamento inoculado em relação ao controle; ii) a razão de expressão (Fold Change - FC) mínima absoluta igual a 4; iii) o nível de significância ? = 0,05. Do total, 120 genes foram identificados aos 4 DAI e 71 aos 10 DAI. As sequências mapeadas foram contrastadas àquelas dos bancos de dados NCBI e TAIR, usando a ferramenta BLASTx e, posteriormente, anotadas usando os softwares Blast2GO e MapMan. Detectou-se similaridade com genes codificadores de proteínas conhecidas para 90% (24.604/27.195) dos unigenes, sendo que 69% (16.991/24.604) deles foram anotados. Quanto à expressão diferencial, 98% (188/191) dos transcritos mostraram similaridade com proteínas conhecidas e 67% (127/188) puderam ser anotados. Os transcritos foram atribuídos a diferentes categorias funcionais putativas, predominando o termo ontológico 'processos metabólicos', em ambas as plataformas. A anotação dos genes na plataforma MapMan mostrou abundância das categorias da via de resposta a estresse, com predominância de genes de defesa superexpressos aos 4 DAI e reprimidos aos 10 DAI. Por fim, 10 genes mostraram expressão diferencial tanto aos 4 como aos 10 DAI: sete deles foram estáveis, sendo superexpressos nas plantas inoculadas, e três apresentaram comportamentos opostos nos momentos avaliados. Ênfase foi dada a um gene que codifica uma 'probable inactive ADP-ribosyltransferase' e a quatro genes de resposta a ferimento
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 01.09.2014
    • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      SANTINI, Luciane. Análise, via RNAseq, do transcritoma do feijoeiro e identificação de genes expressos em resposta à infecção pelo nematoide das galhas. 2014. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2014. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-06102014-151230/. Acesso em: 09 jan. 2026.

    • APA

      Santini, L. (2014). Análise, via RNAseq, do transcritoma do feijoeiro e identificação de genes expressos em resposta à infecção pelo nematoide das galhas (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-06102014-151230/

    • NLM

      Santini L. Análise, via RNAseq, do transcritoma do feijoeiro e identificação de genes expressos em resposta à infecção pelo nematoide das galhas [Internet]. 2014 ;[citado 2026 jan. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-06102014-151230/

    • Vancouver

      Santini L. Análise, via RNAseq, do transcritoma do feijoeiro e identificação de genes expressos em resposta à infecção pelo nematoide das galhas [Internet]. 2014 ;[citado 2026 jan. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-06102014-151230/

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