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Framework para classificação das mutações de vírus HIV (2014)

  • Authors:
  • Autor USP: CINTHO, MINA - BIOINFORMÁTICA
  • Unidade: BIOINFORMÁTICA
  • Assunto: BIOINFORMÁTICA
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: Um grande número de medicamentos utilizados no tratamento contra o HIV agem procurando inibir a ação das proteínas transcriptase reversa e protease. Mutações existentes nas sequências dessas proteínas podem estar relacionadas à resistência aos medicamentos e podem prejudicar o desempenho de um tratamento. O estudo do genótipo dos vírus pode ajudar na tomada de escolhas específicas em tratamentos para cada indivíduo, tornando maiores a chance de sucesso. Com a maior acessibilidade a exames de genotipagem, uma grande quantidade de sequências do vírus está disponível, contendo um grande volume de informação. Padrões de ocorrência de mutações são exemplos de informações contidas nessas sequências e são importantes por estarem relacionados à resistência aos medicamentos. Um dos caminhos que pode ser capaz de nos levar ao entendimento desses padrões de mutações é a aplicação de técnicas de agrupamento e biclustering. Essas técnicas visam a geração de grupos ou biclusters que possuam dados com propriedades em comum. Assim, pode-se encontrar os padrões de mutações que ocorrem nessas sequências e tentar relacioná-los com a resistência aos medicamentos, utilizando métodos de agrupamento e bicluster em sequências de protease e transcriptase reversa. Existem alguns sistemas que tentam predizer a resistência ou susceptinilidade das sequências, porém, devido à grande complexidade dessa relação, ainda é necessário esclarecer o vínculo entre combinações de mutações e níveis de resistência fenotípica. Desta forma, a principal contribuição deste trabalho é o desenvolvimento de um framework baseado na aplicação dos algoritmos K-Médias e Bimax às sequências de transcriptase reversa e protease de pacientes infectadfos com HIV, em uma codificação binária.O presente trabalho também introduz uma representação visual dos grupos e biclusters baseada em dados de microarranjos para casos em que se tem grandes volumes de dados, de forma a facilitar a visualização da informação extraída e a caracterização dos grupos e biclusters no domínio da doença.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 15.05.2014
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      CINTHO, Mina; FERREIRA, João Eduardo. Framework para classificação das mutações de vírus HIV. 2014.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2014. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28072019-161718/ >.
    • APA

      Cintho, M., & Ferreira, J. E. (2014). Framework para classificação das mutações de vírus HIV. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28072019-161718/
    • NLM

      Cintho M, Ferreira JE. Framework para classificação das mutações de vírus HIV [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28072019-161718/
    • Vancouver

      Cintho M, Ferreira JE. Framework para classificação das mutações de vírus HIV [Internet]. 2014 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-28072019-161718/


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