Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients (2014)
- Authors:
- USP affiliated authors: CASSEB, JORGE SIMÃO DO ROSÁRIO - IMT ; DUARTE, ALBERTO JOSE DA SILVA - FM
- Unidades: IMT; FM
- DOI: 10.1590/S0036-46652014000400003
- Subjects: HIV; INFECÇÕES POR HIV; TROPISMO
- Language: Inglês
- Abstract: A aplicação clínica dos antagonistas de CCR5 envolve em primeiro lugar determinar o uso de co-receptor pela cepa viral infectante. Programas de bioinformática que prevêem o uso co-receptor poderiam fornecer um método alternativo para selecionar candidatos para o tratamento com os antagonistas do CCR5, particularmente em países com poucos recursos financeiros. Assim, o presente estudo teve por objetivo identificar a melhor abordagem utilizando ferramentas de bioinformática para determinar qual o tipo de co-receptor do HIV-1 que poderia ser usado na prática clínica. Sequências de DNA proviral e Trofile resultados a partir de 99 pacientes infectados pelo HIV-1 sob monitorização clínica foram avaliadas. Com base nos resultados do Teste Trofile, as variantes virais presentes eram R5 (81,1%), R5X4 (21,4%) e X4 (1,8%). Determinação do tropismo pela análise do Geno2pheno, com taxa de falso positivos de 10% apresentou desempenho mais adequado para esta amostragem: as cepas R5 e X4 foram encontradas em frequências de 78,5% e 28,4%, respectivamente, e foi de 78,6% a concordância entre os resultados fenotípicos e genotípicos. Mais estudos são necessários para esclarecer como a diversidade genética entre as cepas do vírus afeta abordagens baseadas na determinação do tropismo pelas ferramentas de bioinformática. Embora esta estratégia possa ser útil para o rastreio de pacientes em países em desenvolvimento, permanecem algumas limitações que restringem a aplicação mais ampla para utilização de testes de co-receptor na prática clínica.
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- Source:
- Título: Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo
- ISSN: 0036-4665
- Volume/Número/Paginação/Ano: v. 56, n. 4, p. 287-290, 2014
- Este artigo possui versão em acesso aberto
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- Versão do Documento: Versão publicada (Published version)
-
Status: Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access) -
ABNT
ARRUDA, Liã Bárbara et al. Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, v. 56, n. 4, p. 287-290, 2014Tradução . . Disponível em: https://doi.org/10.1590/S0036-46652014000400003. Acesso em: 11 mar. 2026. -
APA
Arruda, L. B., Araújo, M. L. de, Martinez, M. L., Gonzalez, C. R., Duarte, A. J. da S., Coakley, E., et al. (2014). Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 56( 4), 287-290. doi:10.1590/S0036-46652014000400003 -
NLM
Arruda LB, Araújo ML de, Martinez ML, Gonzalez CR, Duarte AJ da S, Coakley E, Lie Y, Casseb JS do R. Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients [Internet]. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. 2014 ; 56( 4): 287-290.[citado 2026 mar. 11 ] Available from: https://doi.org/10.1590/S0036-46652014000400003 -
Vancouver
Arruda LB, Araújo ML de, Martinez ML, Gonzalez CR, Duarte AJ da S, Coakley E, Lie Y, Casseb JS do R. Determination of viral tropism by genotyping and phenotyping assays in Brazilian HIV-1-infected patients [Internet]. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo. 2014 ; 56( 4): 287-290.[citado 2026 mar. 11 ] Available from: https://doi.org/10.1590/S0036-46652014000400003 - Human papillomavirus infection in oral fluids of HIV-1-positive men: prevalence and risk factors
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