PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas (2013)
- Authors:
- Autor USP: OLIVEIRA, LILIANE SANTANA - IME
- Unidade: IME
- Sigla do Departamento: MAC
- DOI: 10.11606/D.45.2013.tde-04022014-074453
- Subjects: COMPUTAÇÃO APLICADA; BIOLOGIA MOLECULAR
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: A evolução das tecnologias de sequenciamento de DNA tem permitido a elucidação da sequência genômica de um número cada vez maior de organismos. Contudo, a obtenção da sequência nucleotídica do genoma é apenas a primeira etapa no estudo dos organismos. O processo de anotação consiste na identicação as diferentes regiões de interesse no genoma e suas funcionalidades. Várias ferramentas computacionais foram desenvolvidas para auxiliar o processo de anotação, porém nenhuma delas permite ao usuário selecionar sequências, processá-las de forma a encontrar evidências a respeito das regiões genômicas, como predição gênica e de domínios protéicos, analisá-las gracamente e adicionar informações a respeito de suas regiões em um mesmo ambiente. Assim, o objetivo desse projeto foi o desenvolvimento de uma plataforma gráca para a anotação genômica que permite ao usuário realizar as tarefas necessárias para o processo de anotação em uma única ferramenta integrada a um banco de dados. A idéia é proporcionar ao usuário liberdade para trabalhar com o seu conjunto de dados, possibilitando a seleção de sequências para análise, construção dos pipelines processamento das mesmas e análise dos resultados encontrados a partir de visualizador que permite ao usuário adicionar in- formações às regiões e fazer a curadoria das sequências. A ferramenta resultante é facilmente extensível, permitindo o acoplamento modular de novas funcionalidades de anotação e sua estrutura permite ao usuário trabalhar tanto com projetos de sequências expressas como anotação de genomas.
- Imprenta:
- Data da defesa: 22.11.2013
- Este artigo possui versão em acesso aberto
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- Versão do Documento: Versão publicada (Published version)
-
Status: Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access) -
ABNT
OLIVEIRA, Liliane Santana. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas. 2013. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2013. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453. Acesso em: 10 mar. 2026. -
APA
Oliveira, L. S. (2013). PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453 -
NLM
Oliveira LS. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas [Internet]. 2013 ;[citado 2026 mar. 10 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453 -
Vancouver
Oliveira LS. PATO: um ambiente integrado com interface gráfica para a curadoria de dados de sequências biológicas [Internet]. 2013 ;[citado 2026 mar. 10 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-04022014-074453
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