SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs (2013)
- Authors:
- Autor USP: PIOVEZANI, AMANDA RUSISKA - BIOINFORMÁTICA
- Unidade: BIOINFORMÁTICA
- Assunto: BIOINFORMÁTICA
- Agências de fomento:
- Language: Português
- Abstract: Polimorfismos de um nucleot6ídeo (SNPs) podem alterar, além de códons de leitura da tradução de genes, posições genômicas impostantes do processo de regulação gênica, como sítios de iniciação de transcrição, de splicing e, mais especificamente, sítios alvos de microRNAs (miRNAs). Em particular, a identificação de SNPs alterando sítios alvos de miRNAs é um problema em aberto, embora venha ganhando um importante destaque nos últimos anos decorrente dos avanços descobertos sobre a capacidade dos miRNAs como elementos reguladores do genoma, associados inclusive a muitas doenças como câncer e vários transtornos psiquiátricos. Os recursos computacionais atualmente disponíveis para essa finalidade (alguns bancos de dados e uma ferramenta) eestão restritos à análise de SNPs na região 3'UTR (UnTranslated Regions) de RNAs mensageiros, onde miRNAs geralmente se ligam para reprimir sua tradução. No entanto, essa é uma simplificação do problema, dado que já se conhece a regulação por miRNAs ativando ou reprimindo a transcrição gênica quando ligados à sua região promotora, aumentando a efetividade da regulação negativa da tradução quando ligados à região codificante do gene ou ainda miRNAs se ligando a RNAs não codificantes. Esses recursos se limitam também à identificação de SNPs na região seed dos sítios de miRNAs, e portanto só identificam criação ou ruptura de sítios. Porém, SNPs localizados fora dessa região não só podem colaborar na criação e ruptura de sítios como também interferir na estabilidade de ligação de miRNAs e, portanto, na efetivação da regulação. Além disso, considerando toda a extensão do sítio, não somente a seed, é possível ocorrer mais de um SNP e, sendo assim, a combinação desses SNPs pode ter uma influência ainda maior na ligação com o miRNA.Os recursos atuais também não informam quais alelos dos SNPs, muito menos quais combinações deles, estão causando qual efeito. Por fim, tais recursos estão restritos a Homosapiens e Mus musculus. Assim, este trabalho apresenta a ferramenta computacional SIMTar (SNPs Interfering in MicroRNA Targets), desenvolvida para identificar SNPs que alteram sítios alvos(sic) de miRNAs e que preenche as lacunas mencionadas. Além disso, é descrita uma aplicação de SIMTar na análise de 114 SNPs associados à esquizofrenia, na qual todos foram preditos interferindo em sítios alvos(sic) de miRNAs.
- Imprenta:
- Data da defesa: 12.09.2013
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ABNT
PIOVEZANI, Amanda Rusiska. SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. 2013. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09052014-155546. Acesso em: 29 set. 2024. -
APA
Piovezani, A. R. (2013). SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09052014-155546 -
NLM
Piovezani AR. SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs [Internet]. 2013 ;[citado 2024 set. 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09052014-155546 -
Vancouver
Piovezani AR. SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs [Internet]. 2013 ;[citado 2024 set. 29 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-09052014-155546 - Systems Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar
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