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Genotipagem de poliplóides: um modelo de urnas e bolas (2012)

  • Authors:
  • Autor USP: FARIA JUNIOR, SILVIO RODRIGUES DE - IME
  • Unidade: IME
  • Sigla do Departamento: MAE
  • Assunto: ESTATÍSTICA APLICADA
  • Agências de fomento:
  • Language: Português
  • Abstract: Desde os primórdios da agricultura e pecuária, o homem seleciona indivíduos com características desejáveis para reprodução e aumento da proporção de novos indivíduos com tais qualidades. Com o conhecimento da estrutura de DNA e o advento da engenharia genética, a identificação e caracterização de espécies e indivíduos conta com novas tecnologias para auxiliar no desenvolvimento de novas variedades de plantas e animais para diversos fins. Tais tecnologias envolvem procedimentos bioquímicos e físicos cada vez mais apurados que produzem medidas cada vez mais precisas, um exemplo disso são as técnicas que empregam a espectometria de massa para comparar polimorfismos de base única (SNPs). Nas plantas é comum a ocorrência de poliploidia, que consiste na presença de mais de dois cromossomos num mesmo grupo de homologia. A determinação do nível de ploidia é fundamental para a correta genotipagem e por consequência maior eficiência no estudo e aprimoramento genético de plantas. Neste trabalho caracterizamos o fenômeno da poliploidia com modelos probabilísticos de urnas e bolas, propondo um método eficiente e adequado de simulação, assim como uma técnica simples para inferir níveis de ploidia e classificar amostras bialélicas aproveitando características geométricas do problema. Análises de dados simulados e reais provenientes de um experimento de cana-de-açúcar foram realizadas com diferentes medidas de separação entre agrupamentos e diferentes condições experimentais. Para os dados reais, métodos gráficos descritivos evidenciam a corretude e coerência do método proposto, que pode ser generalizado para a genotipagem de locos multialélicos poliplóides. Encerramos o trabalho comparando nossos resultados com a abordagem SuperMASSA [Serang2012] que trouxe excelentes resultados ao problema. Todo código desenvolvido em linguagem R está disponibilizado com o texto.
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 30.05.2012
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      FARIA JUNIOR, Silvio Rodrigues; SOLER, Júlia Maria Pavan. Genotipagem de poliplóides: um modelo de urnas e bolas. 2012.Universidade de São Paulo, São Paulo, 2012. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-08092013-214551 >.
    • APA

      Faria Junior, S. R., & Soler, J. M. P. (2012). Genotipagem de poliplóides: um modelo de urnas e bolas. Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-08092013-214551
    • NLM

      Faria Junior SR, Soler JMP. Genotipagem de poliplóides: um modelo de urnas e bolas [Internet]. 2012 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-08092013-214551
    • Vancouver

      Faria Junior SR, Soler JMP. Genotipagem de poliplóides: um modelo de urnas e bolas [Internet]. 2012 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-08092013-214551


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