Diagnóstico genético pré-implantacional de embriões bovinos utilizando plataformas de genotipagem de marcadores moleculares do tipo SNP (2013)
- Authors:
- Autor USP: ALONSO, RODRIGO VITORIO - FMVZ
- Unidade: FMVZ
- Sigla do Departamento: VRA
- Subjects: BOVINOS (REPRODUÇÃO); EMBRIOLOGIA ANIMAL; FERTILIZAÇÃO "IN VITRO" ANIMAL; GENÓTIPOS (QUALIDADE); REPRODUÇÃO APLICADA ANIMAL
- Keywords: Biópsia; Biopsy; Bovino; Cattle; DNA; DNA; Embrião; Embryo; Marcadores moleculares; Molecular markers; WGA; WGA
- Language: Português
- Abstract: Apesar do grande desenvolvimento das biotecnologias da reprodução animal, como a produção in vitro de embriões (PIV), o diagnóstico genético pré-implantacional (PGD) ainda é aplicado com restrição na rotina da transferência de embriões em animais. Os recentes avanços da genômica têm permitido associar características fenotípicas com informações moleculares, possibilitando a realização da seleção assistida por marcadores moleculares. O objetivo do presente estudo foi de realizar o PGD de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP (BeadChip/6.909 SNP). A pequena quantidade de DNA genômico (gDNA) obtida na biópsia embrionária é a principal limitação para a análise de grande número de SNP. Dessa forma, a metodologia de amplificação total do genoma (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Alemanha) foi utilizada para aumentar a quantidade de gDNA da biópsia e permitir a análise de milhares de SNP simultaneamente. Foram utilizados 88 embriões bovinos PIV, submetidos à micromanipulação pela técnica de microaspiração, possibilitando a formação de 3 grupos com diferentes números de células biopsiadas: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) >100 - blastocisto eclodido (n=23). Todas as amostras foram submetidas ao mesmo protocolo de WGA e 4μL de cada amostra foram utilizados para a genotipagem em plataforma iScan/Illumina. A qualidade dos genótipos foi avaliada pela análise do Call Rate (CR), 10o percentil do GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) e Alelle Drop Out(ADO). O teste de Kruskal-Wallis foi utilizado para investigar diferenças na distribuição das variáveis entre os grupos. O coeficiente de correlação de postos de Spearman revelou correlação significativa entre todas as variáveis. Os resultados apresentaram correlação positiva entre o CR e GC10 (0,99/P<0,001), enquanto as taxas de ADI e ADO apresentaram correlação negativa com o CR e CG10 (ADI/CR: - 0,87; ADI/GC10:-0,88; ADO/CR:-0,87; ADO/GC10:-0,86), com P<0,001 para todas as variáveis. O teste de Kruskal-Wallis apontou para diferença significativa em todas as variáveis analisadas (CR, GC10, ADI e ADO) entre os 3 grupos de biópsias (G1, G2 e G3). O CR médio foi de 59,26%, 78,47% e 95,97%, para G1, G2 e G3, respectivamente. Foi desenvolvido programa computacional (mendelFix) baseado na Lei da Segregação, para inferência dos genótipos não determinados baseado no genótipo do progenitores, aumentando o CR dos grupos 1, 2 e 3 para 79,69%, 88,20% e 97,28%, respectivamente. Os resultados do presente estudo permitem concluir que é possível realizar a genotipagem de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP com amostras submetidas ao protocolo WGA/MDA, mas o número de células obtidas na biópsia embrionária afeta a qualidade da genotipagem. A associação das biotecnologias descritas no presente trabalho permite a aplicação da seleção assistida por marcadores moleculares em embriões bovinos, contribuindo para acelerar ainda mais o processo de melhoramento genético animal
- Imprenta:
- Data da defesa: 13.06.2013
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ABNT
ALONSO, Rodrigo Vitorio. Diagnóstico genético pré-implantacional de embriões bovinos utilizando plataformas de genotipagem de marcadores moleculares do tipo SNP. 2013. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-23072013-154403/. Acesso em: 10 out. 2024. -
APA
Alonso, R. V. (2013). Diagnóstico genético pré-implantacional de embriões bovinos utilizando plataformas de genotipagem de marcadores moleculares do tipo SNP (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-23072013-154403/ -
NLM
Alonso RV. Diagnóstico genético pré-implantacional de embriões bovinos utilizando plataformas de genotipagem de marcadores moleculares do tipo SNP [Internet]. 2013 ;[citado 2024 out. 10 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-23072013-154403/ -
Vancouver
Alonso RV. Diagnóstico genético pré-implantacional de embriões bovinos utilizando plataformas de genotipagem de marcadores moleculares do tipo SNP [Internet]. 2013 ;[citado 2024 out. 10 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10131/tde-23072013-154403/
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