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Bacterial ecology in Amazonian soils under deforestation and agricultural management (2013)

  • Authors:
  • Autor USP: NAVARRETE, ACACIO APARECIDO - CENA
  • Unidade: CENA
  • Subjects: BACTÉRIAS; BIOINFORMÁTICA; DESMATAMENTO; ECOLOGIA MICROBIANA; ECOLOGIA MOLECULAR; FLORESTAS TROPICAIS; MANEJO DO SOLO; MICROBIOLOGIA DO SOLO; SEQUÊNCIA DO DNA; USO DO SOLO
  • Language: Inglês
  • Abstract: Este trabalho de tese avaliou o efeito do desmatamento sobre redes artificiais de associação entre grupos taxonômicos de Bacteria e fatores abióticos do solo e redes baseadas em funções bacterianas e fatores abióticos do solo, e utilizou técnicas moleculares e abordagem dependente de cultivo para compreender a dinâmica da comunidade de Acidobacteria em solos da floresta Amazônica convertidos em áreas agrícolas para produção de soja. Para estudo das comunidades bacterianas foram utilizadas tecnologias de sequenciamento de nova geração (plataformas 454 GS FLX Titanium da Roche e Illumina HiSeq 2000), PCR quantitativo em tempo-real, método de fingerprinting e procedimentos tradicionais para cultivo de bactérias. O objetivo geral desta tese foi alcançado com o desenvolvimento de três diferentes estudos. O Estudo 1 considerou aproximadamente 425 mil sequências do gene 16S rRNA de Bacteria e 266 milhões de sequências de DNA bacteriano obtidas por análise metagenômica a partir de solos coletados em três réplicas verdadeiras de floresta intacta na Amazônia e área desmatada adjacente após corte e queima da cobertura vegetal. Com isso, este estudo mostrou que o desmatamento declina a abundância e altera a estrutura de comunidade de Verrucomicrobia no solo e simplifica as redes artificiais de associação entre diferentes grupos bacterianos. A rede artificial de associação entre categorias funcionais e fatores de solo revelou-se mais complexa em solos desmatados, indicando um alto graude dispersão de risco para a manutenção do funcionamento do solo. Por sua vez, o Estudo 2 correlacionou a abundância de subgrupos de Acidobacteria - com base em aproximadamente 33 mil sequências do gene 16S rRNA de Acidobacteria - com fatores abióticos do solo, e mostrou que subgrupos de Acidobacteria respondem diferentemente aos efeitos do manejo agrícola de solos da floresta Amazônica dentro de áreas de produção de soja. Este estudo abriu possibilidades de explorar subgrupos de Acidobacteria como bio-indicadores dos efeitos do manejo agrícola do solo na região da Amazônia. Por fim, o Estudo 3 reportou a culturabilidade e detecção molecular de Acidobacteria subgrupos 1 e 3 e outros grupos bacterianos presentes em solos Amazônicos em meio de cultura enriquecido com carbono e incubado sob atmosfera hipóxica (2% O2 [vol/vol], 2% CO2 [vol/vol] e 96% N2 [vol/vol]), atestando, assim, a combinação de procedimentos tradicionais de cultivo e técnicas moleculares para a recuperação e detecção de Acidobacteria de solos da Amazônia
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 31.01.2013
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      NAVARRETE, Acacio Aparecido; MUI, Tsai Siu; VEEN, Johannes Antonie van. Bacterial ecology in Amazonian soils under deforestation and agricultural management. 2013.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2013. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-22042013-163134/ >.
    • APA

      Navarrete, A. A., Mui, T. S., & Veen, J. A. van. (2013). Bacterial ecology in Amazonian soils under deforestation and agricultural management. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-22042013-163134/
    • NLM

      Navarrete AA, Mui TS, Veen JA van. Bacterial ecology in Amazonian soils under deforestation and agricultural management [Internet]. 2013 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-22042013-163134/
    • Vancouver

      Navarrete AA, Mui TS, Veen JA van. Bacterial ecology in Amazonian soils under deforestation and agricultural management [Internet]. 2013 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-22042013-163134/


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