Um modelo estocástico para a transcrição do gene even-skipped de Drosophila melanogaster (2013)
- Authors:
- Autor USP: PRATA, GUILHERME NERY - IFSC
- Unidade: IFSC
- Sigla do Departamento: FCM
- Subjects: EXPRESSÃO GÊNICA; PROCESSOS ESTOCÁSTICOS; DROSOPHILA
- Keywords: Gene expression; Noise; Regulação transcricional; Ruído; Stochastic process; Transcriptional regulation
- Language: Português
- Abstract: Esta tese desenvolvemos um modelo estocástico para a transcrição do gene even-skipped de Drosophila melanogaster no qual a variável estocástica é o número de moléculas de mRNA transcritas. Nesse modelo, consideramos um gene com dois níveis de ativação sendo regulado externamente. As probabilidades de se encontrar o gene ligado ou desligado e com determinado número de moléculas de mRNA transcritas obedecem equações lineares dadas por processos markovianos de nascimento-e-morte (taxas de produção e degradação) e termos de chaveamento entre os níveis cujas dependências temporais são dadas por funções de Heaviside. Notamos que tal dependência é suficiente para garantir uma atividade transcricional inicial intensa seguida de uma súbita interrupção, conforme sugerem os dados experimentais. Desconsiderando efeitos difusivos e fenômenos de transporte, estendemos esse constructo às outras regiões do embrião, permitindo dependências espaciais apenas às termos de chaveamento, e o resultado gerado descreve os dados experimentais com boa concordância, indicando também que o aspecto binário do gene é suficiente para uma descrição semiquantitativa do fenômeno. Notavelmente, na região onde a listra se forma e concomitantemente a sua formação, o modelo prevê a redução do desvio quadrático (flutuação) e do ruído. Calculando a distribuição de probabilidade, verificamos que o regime estacionário é atingido antes da listra começar a desaparecer. Também estudamos uma conexão entre parâmetros do modelo e as proteínas envolvidas na regulação e, baseado em resultados da literatura, obtemos uma função com aproximadamente o mesmo efeito regulatório considerando gradientes de seis fatores de transcrição (Bcd, Hb, Gt, Kr, Kni e Tll) e apenas quatro sítios de ligação, o que sugere que a informação transcricional pode estar concentrada na regulação de poucos sítios
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2013
- Data da defesa: 30.01.2013
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ABNT
PRATA, Guilherme Nery. Um modelo estocástico para a transcrição do gene even-skipped de Drosophila melanogaster. 2013. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76131/tde-04042013-105849/. Acesso em: 26 abr. 2024. -
APA
Prata, G. N. (2013). Um modelo estocástico para a transcrição do gene even-skipped de Drosophila melanogaster (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76131/tde-04042013-105849/ -
NLM
Prata GN. Um modelo estocástico para a transcrição do gene even-skipped de Drosophila melanogaster [Internet]. 2013 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76131/tde-04042013-105849/ -
Vancouver
Prata GN. Um modelo estocástico para a transcrição do gene even-skipped de Drosophila melanogaster [Internet]. 2013 ;[citado 2024 abr. 26 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76131/tde-04042013-105849/
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