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Proteome characterization of sugarcane primary cell wall (2012)

  • Authors:
  • Autor USP: RODRIGUES, MARIA JULIANA CALDERAN - ESALQ
  • Unidade: ESALQ
  • Sigla do Departamento: LGN
  • Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; ETANOL; PAREDE CELULAR VEGETAL; PROTEÍNAS
  • Language: Inglês
  • Abstract: Este estudo fornece informação para auxiliar o uso da parede celular vegetal, a partir do bagaço de cana, para a produção de etanol celulósico. Com isso, as proteínas da parede celular de folhas, colmos e células em suspensão foram identificadas. Para isso, foram utilizados diferentes protocolos. Utilizando folhas e colmos de cana-de-açúcar de dois meses de idade, as extracções foram realizadas por meio de método destrutivo, com base na trituração dos tecidos, submetendo-os a gradiente crescente de sacarose e centrifugação, sendo a parede da célula extraída e depois isolada por lavagem sobre uma rede de nylon. Depois disso, as proteínas de parede celular foram extraídas utilizando dois sais, 0,2 M de CaCl2 e 2 M de LiCl. Para células em suspensão, um protocolo semelhante foi utilizado, contendo, no entanto, um passo anterior de separação da parede celular por meio de maceração e precipitação em glicerol 15%. Usando colmos da mesma idade, dois meses, um protocolo não destrutivo foi testado com base na infiltração a vácuo dos tecidos nos mesmos sais já descritos, 0,2 M de CaCl2 e 2 M de LiCl, e posterior centrifugação. Duas repetições foram usadas nos experimentos com plantas de dois meses de idade, e três, no caso de células em suspensão. As amostras complexas foram digeridas, fracionadas e seqüenciadas por espectrometria de massas, utilizando o equipamento SYNAPT G2HDMS acoplado ao cromatógrafo nanoACQUITY, ambos da Waters. Os peptídeos foram processadas utilizandoProteinLynx 2,5 comparando com a base de dados de ESTs traduzidos da cana. Utilizando programas de bioinformática, como Blast2GO, foi possível encontrar a anotação e classificação de proteínas semelhantes. Apenas proteínas igualmente encontradas em todas as repetições foram consideradas na análise principal. SignalP, WolfPSORT, TargetP, TMHMM e Predotar foram softwares utilizados para prever a localização subcelular, tanto para ESTs como proteínas, e apenas as proteínas preditas para serem secretadas por dois ou mais programas foram consideradas como proteínas de parede celular. Ao todo, 157 SAS diferentes relacionados à parede celular da cana foram encontrados. Dentre eles, 101 diferentes proteínas de parede foram caracterizadas em oito classes funcionais. O método baseado na infiltração a vácuo mostrou-se o mais eficiente, uma vez que apresentou quase metade, 48,84%, das proteínas preditas para serem secretadas, o que é um bom valor quando comparado com outros estudos. A maioria das proteínas secretadas estava relacionada com o metabolismo lipídico, como proteínas de transporte de lípidos, oxido-redutases, tais como peroxidases, enzimas modificadoras da parede, como as glicosil-hidrolases, proteases, proteínas com domínios de interação, proteínas sinalizadoras, entre outras. Os resultados estão de acordo com o papel que se espera da matriz extracelular no metabolismo de polissacarídeos e fenômenos de sinalização. Portanto, este trabalho forneceu informações valiosas sobrea parede celular da cana, tornando possível a utilização desses dados em futuros estudos para otimizar a produção de etanol celulósico
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 16.10.2012
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      RODRIGUES, Maria Juliana Calderan; LABATE, Carlos Alberto. Proteome characterization of sugarcane primary cell wall. 2012.Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2012. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20122012-160756/ >.
    • APA

      Rodrigues, M. J. C., & Labate, C. A. (2012). Proteome characterization of sugarcane primary cell wall. Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20122012-160756/
    • NLM

      Rodrigues MJC, Labate CA. Proteome characterization of sugarcane primary cell wall [Internet]. 2012 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20122012-160756/
    • Vancouver

      Rodrigues MJC, Labate CA. Proteome characterization of sugarcane primary cell wall [Internet]. 2012 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-20122012-160756/


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