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Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos (2012)

  • Authors:
  • USP affiliated author: PIGNATA, LUIZ FERNANDO MARTINS - FMRP
  • School: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGE
  • Subjects: BIOINFORMÁTICA; EXPRESSÃO GÊNICA; GENÉTICA
  • Keywords: Microarray; Normalização; Redes gênicas; Bioinformatics; Gene expression; Gene networks; Microarray; Normalization
  • Language: Português
  • Abstract: Os microRNAs estão envolvidos no processo de regulação da expressão gênica da célula, onde a molécula de microRNA se liga com o RNA mensageiro interrompendo, assim, a expressão do respectivo gene pela interrupção da tradução. A bioinformática tem auxiliado na identificação de vários genes codificadores de microRNAs em plantas e animais, incluindo mamíferos, por meio de analises de dados de microarray; assim como na predição de estruturas. Os dados de expressão de microRNAs e RNAs mensageiros foram obtidas por meio de cooperação firmada entre o Laboratório de Bioinformática do Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP, coordenado pela orientadora desse projeto, e o Laboratório de Imunogenética Molecular do mesmo departamento, coordenado pelo Professor Doutor Geraldo A. S. Passos. Durante o desenvolvimento e os testes realizados, foram utilizados dados (valores numéricos de dados de expressão coletados por microarrays) provenientes da comparação da expressão de microRNAs e RNAs do timo de camundongos non obese diabetic que reproduzem diabetes melitus do tipo 1, e dados provenientes da comparação da expressão de microRNAs e RNAs de outros experimentos. O presente projeto teve como objetivo o desenvolvimento de um pipeline para a análise in silico de dados de expressão gênica de microRNAs e mRNAs obtidas por microarray. Com base em dados de expressão de microRNAs e RNAs mensageiros, foi possível a análise de diversas ferramentas e o desenvolvimento e ajuste de scripts para que seja possível a análise sequencial de tais dados. Dessa forma, o pipeline desenvolvido inclui a quantificação dos dados de expressão gênica a partir das laminas de microarray, a normalização dos dados, as análises estatísticas das sequências diferencialmente expressas utilizando o Multi Expenment Viewer, a construção de redes de interação microRNAs-RNAsmensageiros e a busca de alvos de microRNAs baseada nesta rede, ambos pelo GenMir++. O pipeline desenvolvido é executado com facilidade e possibilitou a correta análise dos dados, evitando desperdício de tempo em análises de bancada. A partir dos resultados obtidos, novos alvos de miRNA foram encontrados com o uso do pipeline e comprovados em bancada. Tais resultados apresentados no 55° Congresso Brasileiro de Genética com o resumo intitulado “MicroRNA-mRNA Network Controlling the Promiscuous Gene Expression in the Thymus of NOD (Non Obese Diabetic) Mice: Implications in the Emergence of Type 1 Diabetes Mellitus"
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 13.04.2012
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    How to cite
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    • ABNT

      PIGNATA, Luiz Fernando Martins; GIULIATTI, Silvana. Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos. 2012.Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2012. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/ >.
    • APA

      Pignata, L. F. M., & Giuliatti, S. (2012). Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos. Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/
    • NLM

      Pignata LFM, Giuliatti S. Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos [Internet]. 2012 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/
    • Vancouver

      Pignata LFM, Giuliatti S. Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos [Internet]. 2012 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/

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