Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas a técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I (2011)
- Authors:
- Autor USP: LIMA, LEONARDO HENRIQUE FRANÇA DE - IFSC
- Unidade: IFSC
- Sigla do Departamento: FFI
- Subjects: MODELAGEM MOLECULAR; RECEPTORES (ESTUDO); ESPALHAMENTO DE RAIOS X A BAIXOS ÂNGULOS; PROTEÍNAS
- Language: Português
- Abstract: Movimentos coletivos prestam um papel fundamental na dinâmica e energética de biomoléculas em solução. Estes movimentos permitem o acoplamento de regiões significativamente distantes, apresentando considerável influência, por exemplo, no alosterismo para a formação de complexos macromoleculares e no funcionamento integrado de proteínas multidomínios como máquinas moleculares. Neste trabalho de doutoramento, serão apresentados os resultados referentes à aplicação conjunta de técnicas experimentais biofísicas, de modelagem estrutural e de dinâmica molecular no estudo de dois sistemas para os quais estes movimentos coletivos demonstram considerável importância funcional. Em primeiro, nós estudamos a interação do receptor nuclear do ácido 9-cis-retinóico com seu elemento responsivo específico no DNA (HRE) utilizando uma combinação de estudos de dinâmica molecular e de ensaios de afinidade através da técnica de anisotropia de fluorescência. Os resultados sugerem que diferenças nos movimentos coletivos conferem a baixa afinidade para a associação dos monômeros e a alta colaboratividade na associação do dímero ao HRE. A baixa afinidade monomérica é mais proeminente para o monômero 5´. Isto ocorre tanto devido a um empilhamento naturalmente menos efetivo no último passo de pares de bases no meio-sítio 5´, quanto ao faseamento dos dois meios-sítios de ligação na topologia do DNA, que impõem modos coletivos de movimento que tendem a ocluir o sítio de ligação 5´. Este perfil, por sua vez, é condizente com a bem conhecida polaridade 3´ e com a menor especificidade de ligação à seqüência ao meio-sítio 5´ para o monômero do hRXRα. Este mesmo padrão impõe um mecanismo chave e fechadura dependente da interação do dímero completo. Em segundo, um estudo integrado de espalhamento de raios X a baixos ângulos e modelagemestrutural baseada em dinâmica molecular foi realizado buscando compreender os movimentos interdomínios da celobiohidrolas I de Trichoderma harziannum. Este estudo permitiu a elaboração de um modelo estrutural de maior resolução para esta enzima de alto potencial biotecnológico. Também foram constatados aparentes mecanismos moleculares a partir dos quais as glicosilações no peptídeo conector impõem restrições à orientação e modos vibracionais para a enzima completa, condizentes com um mecanismo de deslize sobre a superfície da celulose. Este mesmo mecanismo é fundamental para a processividade da enzima na hidrólise da celulose microcristalina.
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2011
- Data da defesa: 26.09.2011
-
ABNT
LIMA, Leonardo Henrique França de. Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas a técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I. 2011. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2011. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06122011-084130/. Acesso em: 27 jan. 2026. -
APA
Lima, L. H. F. de. (2011). Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas a técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06122011-084130/ -
NLM
Lima LHF de. Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas a técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I [Internet]. 2011 ;[citado 2026 jan. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06122011-084130/ -
Vancouver
Lima LHF de. Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas a técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I [Internet]. 2011 ;[citado 2026 jan. 27 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-06122011-084130/
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