Validação da sensibilidade da técnica de pcr para detecção de genes em bibliotecas genômica e metagenômica (2011)
- Authors:
- USP affiliated authors: SILVA, LUIZIANA FERREIRA DA - ICB ; GOMEZ, JOSÉ GREGORIO CABRERA - ICB
- Unidade: ICB
- Assunto: MICROBIOLOGIA
- Language: Português
- Abstract: Existem dois tipos de bibliotecas: genômicas, que utilizam um material genético de uma única linhagem para gerar clones abrigando diversos genes, e as metagenômicas, que utilizam uma amostra ambiental como doadora de sequências de DNA com diferentes origens. A técnica de PCR é amplamente utilizada no screening destas bibliotecas, porém há uma problemática na sensibilidade de detecção dos genes de interesse nelas procurados. As altas concentrações de DNA obtidas pelas extrações de diversos clones em conjunto podem inibir tais reações, apresentando resultados falsos negativos, desconsiderando assim a amostra analisada. Esse trabalho consiste na detecção de genes específicos em amostras com misturas de DNA empregando a técnica de PCR, obtendo assim a concentração mínima de DNA necessária para gerar um amplicon. Para isso foram realizados dois conjuntos de experimentos: A) Extração de DNA plasmidial de 30 clones de uma biblioteca genômica de Klebsiella pneumoniae GLC29. Duas concentrações de DNA desta amostra (5000 e 1000ng/µL) foram contaminadas com DNA genômico de K. pneumoniae GLC29 em 15 concentrações variando de 100 até 10‾15ng/µl. Estas misturas e o DNA contaminante foram submetidos a reações de PCR para buscar o gene dhaB da via de produção de 1,3-propanodiol. B) Extração de DNA plasmidial de cerca de 100 clones de uma biblioteca metagenômica de solo de Mata Atlântica. Duas concentrações de DNA desta amostra (6000 e 1000ng/µL) foram contaminadas em dois blocos: um com DNA genômico de Bacillus M.A 3.3 e outro com plasmídeo pBHR71, ambos em 15 concentrações variando de 100 até 10‾15.Estas misturas e os DNA contaminantes foram submetidos a reações de PCR para buscar o gene phaC de produção de PHA. Os DNA genômicos e plasmidial utilizados como contaminantes foram detectados pela técnica até uma concentração de 10‾3ng/µL, já estes, inseridos no DNA total das bibliotecas, constatou somente na detecção da presença do DNA plasmidial contaminante (nas concentrações de 1000ng/µL e 6000ng/µL) até uma concentração de 10‾2ng/µL. Nas condições testadas não foi possível confirmar que somente uma cópia do DNA possa ser detectada pela técnica de PCR e, para triagem de bibliotecas pode ser necessário uma quantidade maior do gene desejado junto ao DNA total da amostra.
- Imprenta:
- Publisher: Sociedade Brasileira de Microbiologia (SBM)
- Publisher place: São Paulo
- Date published: 2011
- Conference titles: Congresso Brasileiro de Microbiologia
-
ABNT
FLORA, Amanda Billia et al. Validação da sensibilidade da técnica de pcr para detecção de genes em bibliotecas genômica e metagenômica. 2011, Anais.. São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia (SBM), 2011. . Acesso em: 02 dez. 2025. -
APA
Flora, A. B., Rozo, Y. P. G., Kawai, L. A., Contiero, J., Silva, L. F. da, & Gomez, J. G. C. (2011). Validação da sensibilidade da técnica de pcr para detecção de genes em bibliotecas genômica e metagenômica. In . São Paulo: Sociedade Brasileira de Microbiologia (SBM). -
NLM
Flora AB, Rozo YPG, Kawai LA, Contiero J, Silva LF da, Gomez JGC. Validação da sensibilidade da técnica de pcr para detecção de genes em bibliotecas genômica e metagenômica. 2011 ;[citado 2025 dez. 02 ] -
Vancouver
Flora AB, Rozo YPG, Kawai LA, Contiero J, Silva LF da, Gomez JGC. Validação da sensibilidade da técnica de pcr para detecção de genes em bibliotecas genômica e metagenômica. 2011 ;[citado 2025 dez. 02 ] - Crecimento de linhagem produtora de biopolímeros e recombinantes portando genes do metabolismo de xilose em misturas de açúcares: avaliação da presença de crescimento diáuxico
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