Análise de modos normais em proteínas (2010)
- Authors:
- Autor USP: MENDONÇA, MATHEUS RODRIGUES DE - FFCLRP
- Unidade: FFCLRP
- Sigla do Departamento: 591
- Subjects: PROTEÍNAS (ESTRUTURA); BIOINFORMÁTICA; COMPUTAÇÃO APLICADA
- Language: Português
- Abstract: A abordagem de modos normais de baixa frequência na descrição das flutuações conformacionais dos estados nativos das proteínas globulares tem ajudado na caracterização das suas funções biológicas. Vários métodos teóricos e experimentais têm sido empregados para a determinação destas flutuações internas. Estes movimentos podem ser caracterizados pelo fator Debye-Waller (fator-B), correspondente à mobilidade local do resíduo em nível atômico. A análise de modos normais utilizando os modelos de redes elásticas (ENM) tem demonstrado ser uma técnica robusta. Fatores de temperatura experimentais têm sido reproduzidos teoricamente por meio desta técnica em tempos computaicionais relativamente curtos e os resultados obtidos são tão precisos quanto os obtidos por meio de técnicas mais sofisticadas. O modelo de rede elástica é uma abordagem tipo “coarse-grain" na qual a proteína no seu estado enovelado é representada por uma rede elástica tridimensional de carbonos-alfa conectados por molas. As molas representam as interações ligantes e não ligantes entre os carbonos-alfa. Neste trabalho, inicialmente estudamos os modelos de rede elástica já conhecidos na literatura Em seguida, apresentamos um estudo comparativo entre esses modelos. Neste estudo, mostramos que os modelos pfGNM e WCN apresentam melhor correlação com os fatores-B experimentais que os outros modelos. Desenvolvemos também uma nova abordagem, a qual intitulamos número de contatos ponderados (AWCN). Mostramos que abordagem AWCN apresenta um desempenho significativamente melhor que o modelo de rede elástica anisotrópica tradicional. Por fim, estudamos o comportamento do peso das interações entre resíduos. Mostramos que, para os modelos WCN e AWCN, a correlação exibe o seu valor máximo para interações ponderadas pelo recíproco do quadrado da distancia, ou seja, para p = 2. Nos modelos pfGNM e pfANM mostramosque a correlação é maximizada para dois valores de p, o primeiro em torno de 2 e o segundo em torno de 4.75. Este resultado sugere adicionar um termo na Hamiltoniana dos modelos pfGNM e pfANM para melhor descrever os dados experimentais
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2010
- Data da defesa: 26.04.2010
-
ABNT
MENDONÇA, Matheus Rodrigues de. Análise de modos normais em proteínas. 2010. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2010. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18032011-170446/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Mendonça, M. R. de. (2010). Análise de modos normais em proteínas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18032011-170446/ -
NLM
Mendonça MR de. Análise de modos normais em proteínas [Internet]. 2010 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18032011-170446/ -
Vancouver
Mendonça MR de. Análise de modos normais em proteínas [Internet]. 2010 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/59/59135/tde-18032011-170446/
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