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Desenvolvimento de uma plataforma integrativa para depuração e análise de dados de expressão gênica (2009)

  • Authors:
  • Autor USP: PINHEIRO, DANIEL GUARIZ - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGE
  • Subjects: EXPRESSÃO GÊNICA; GENÉTICA; BIOINFORMÁTICA
  • Language: Português
  • Abstract: Métodos de análise de expressão gênica em larga escala como microarrays, Serial Analysis of Gene Expression (SAGE), Massively Parnllel Signature Sequencing (MPSS) e outros baseados na nova geração de seqüenciadores [e.g. Sequencing-By-Synthesis (SBS)] têm sido amplamente utilizados e para traçar perfis de expressão gênica. Estas abordagens têm permitido a identificação de biomarcadores de tipos celulares específicos em uma extensa variedade de condições biológicas. Análises de expressão gênica diferencial usando dados produzidos a partir dessas tecnologias fornecem recursos que auxiliam sobremaneira a identificação e avaliação de alvos terapêuticos. A fim de oferecer suporte para essas análises, desenvolvemos uma plataforma integrativa que utiliza bancos de dados públicos e próprios e reúne uma coleção de ferramentas web. Essa plataforma compreende dois sistemas integrados: o primeiro é chamado de Hyper- and Hypo-expressed Genes (H2G) e o segundo de Score System for Sequence Tags (S3T). O H2G oferece suporte às análises comparativas de expressão gênica diferencial e o S3T foi concebido para indexar os dados de expressão gênica por meio de uma série de avaliações baseadas em um conjunto de regras definido, o qual permite a identificação/seleção de dados considerados mais confiáveis para posterior análise com H2G ou quaisquer outros aplicativos. O H2G possui ferramentas computacionais para a análise e detecção de genes diferencialmente expressos e engloba umbanco de dados de expressão gênica que contém atualmente 1.174 bibliotecas obtidas a partir das tecnologias SAGE, MPSS e SBS. O H2G inclui o S3T como um recurso para realizar a depuração nesses dados. Análises com o S3T foram realizadas em conjuntos de bibliotecas de SAGE humanas, organizadas por tipo celular. Agrupamentos hierárquicos foram obtidos a partir dos dados brutos e também a partir dos dados após a filtragem do S3T, para cada conjunto de bibliotecas. Os resultados das avaliações desses agrupamentos revelam que os agrupamentos gerados a partir dos dados após a filtragem são mais coerentes, sugerindo que o processo de depuração do S3T é ca- paz de reduzir a presença de ruídos. Este trabalho oferece uma contribuição significativa para os estudos da dinâmica da expressão gênica. Essa plataforma de análise pode auxiliar outros pesquisadores na realização de suas investigações biológicas. Os recursos de análise estão livremente disponíveis nas seguintes URLs: http:j jgdm.fmrp.usp.brjh2gj e http://gdm.fmrp.usp.br/s3t/, respectivamente para o H2G e o S3T
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 05.10.2009

  • How to cite
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    • ABNT

      PINHEIRO, Daniel Guariz; SILVA JUNIOR, Wilson Araújo da. Desenvolvimento de uma plataforma integrativa para depuração e análise de dados de expressão gênica. 2009.Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2009.
    • APA

      Pinheiro, D. G., & Silva Junior, W. A. da. (2009). Desenvolvimento de uma plataforma integrativa para depuração e análise de dados de expressão gênica. Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto.
    • NLM

      Pinheiro DG, Silva Junior WA da. Desenvolvimento de uma plataforma integrativa para depuração e análise de dados de expressão gênica. 2009 ;
    • Vancouver

      Pinheiro DG, Silva Junior WA da. Desenvolvimento de uma plataforma integrativa para depuração e análise de dados de expressão gênica. 2009 ;

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