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Abordagem computacional aplicada ao desenvolvimento de um SAGEmap de Apis mellifera (2009)

  • Authors:
  • Autor USP: BRANDÃO, RODRIGO MARTINS - FMRP
  • Unidade: FMRP
  • Sigla do Departamento: RGE
  • Subjects: ABELHAS (GENÉTICA); BIOINFORMÁTICA
  • Language: Português
  • Abstract: A Apis mellifera é uma espécie que desperta grande interesse dos Biólogos por possuir um mecanismo complexo e organizado relacionado ao comportamento social, capacidade de aprendizado e memória. Muitas dessas características possuem uma base genética determinada pelas regulação e variação estrutural e funcional de um conjunto de genes. Variações do nível de expressão gênica também contribuem para a regulação desses mecanismos. Uma das técnicas mais usadas para avaliar o padrão de expressão global de um tecido ou linhagem celular é o SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), que permite estudar as variações na expressão gênica causadas por estímulos externos ou pela fisiologia de um tecido em vários organismos. O método de SAGE se baseia na análise do perfil de expressão gênica de um tecido pela geração e contagem de seqüências de nucleotídeos curtas (10 bases) denominadas tags. Para tornar-se informativo, primeiramente é necessário associar cada tag a um gene (processo de anotação). O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma metodologia para anotar cada tag de uma biblioteca de SAGE produzida a partir de amostras de tecido cerebral de A. mellifera. As análises para o desenvolvimento dessa metodologia seguiram as seguintes etapas: 1) gerar uma lista de tags confiáveis (LTC) da biblioteca de SAGE; 2) extração das tags virtuais em base de dados de transcritos de A. mellifera; 3) relacionar as tags geradas experimentalmente com as tags virtuais; 4)associar tag ao gene; 5) reduzir a ambiguidade das tags; 6) mapear as tags da biblioteca no genoma; 7) validar os resultados. As tags virtuais foram extraídas pela da identificação computacional das 10 bases adjacentes ao sítio da enzima de ancoragem NlaIlI em sequências de transcritos da abelha. Uma base de dados relacional foi modelada para armazenar os dados da biblioteca de SAGE de cérebro e do SAGE virtual. Experimentalmente foram geradas 60.536 tags de SAGE, sendo 20.483 tags únicas. Foi gerada uma lista de tags mais confiáveis, reduzindo o número de tags para 45.674, sendo 5.683 tags únicas. Para anotarmos a biblioteca de SAGE de A. mellifera, as 5.683 tags da lista LTC foram mapeadas contra a base de dados do UniGene desse organismo resultando em 27,5% das tags anotadas. As tags foram classificadas de acordo com alguns critérios estabelecidos para associarmos com maior confiança a melhor tag ao gene, diminuindo a ambiguidade das tags. Todas as tags da lista LTC foram mapeadas no genoma da abelha nas duas orientações e foram encontradas 85% das tags. Encontramos 63% de tags no genoma que também foram anotadas no UniGene e 94% das tags LTC anotadas no UniGene foram encontradas no genoma; Selecionamos seis genes para avaliar suas expressões através da técnica de RT-PCR, e os resultados corresponderam ao observado na biblioteca de SAGE. O presente estudo apresenta a primeira iniciativa de anotação de uma biblioteca de SAGE de A.mellifera. O resultado mostrou ser uma metodologia eficaz e que será de grande utilidade nos estudos envolvendo a análise do perfil de expressão gênica desse organismo
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 03.04.2009

  • How to cite
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    • ABNT

      BRANDÃO, Rodrigo Martins; SILVA JÚNIOR, Wilson Araújo da. Abordagem computacional aplicada ao desenvolvimento de um SAGEmap de Apis mellifera. 2009.Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2009.
    • APA

      Brandão, R. M., & Silva Júnior, W. A. da. (2009). Abordagem computacional aplicada ao desenvolvimento de um SAGEmap de Apis mellifera. Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto.
    • NLM

      Brandão RM, Silva Júnior WA da. Abordagem computacional aplicada ao desenvolvimento de um SAGEmap de Apis mellifera. 2009 ;
    • Vancouver

      Brandão RM, Silva Júnior WA da. Abordagem computacional aplicada ao desenvolvimento de um SAGEmap de Apis mellifera. 2009 ;

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