Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados (2008)
- Authors:
- Autor USP: OLIVEIRA, PAULO TADEU MEIRA E SILVA DE - IME
- Unidade: IME
- Sigla do Departamento: MAE
- DOI: 10.11606/T.45.2008.tde-29092008-110907
- Assunto: ESTATÍSTICA APLICADA
- Language: Português
- Abstract: O mapeamento genético é constituído por procedimentos experimentais e estatísticos que buscam detectar genes associados à etiologia e regulação de doenças, além de estimar os efeitos genéticos e as localizações genômicas correspondentes. Considerando delineamentos experimentais que envolvem cruzamentos controlados de animais e plantas, diferentes formulações de modelos de regressão podem ser adotados na identificação de QTL's (do inglês "uqntitative trait loci"), incluindo seus efeitos principais e possíveis efeitos de interação (epistasia). A dificuldade nestes casos de mapeamento é a comparação de modelos que não necessariamente são encaixados e envolvem umespaço de busca de alta dimensão. Para este trabalho, descrevemos um método geral para melhorar a eficiência computacional em mapeamento simultâneo de múltiplo QTL's e de seus efeitos de interação. A literatura tem usado métodos de busca exaustiva ou busca condicional. Propomos o uso do algoritmo genético para pesquisar o espaço multilocos, sendo este mais útil para genomas maiores e mapas densos de marcadores moleculares. Por meio de estudos de simulações mostramos que a busca baseada no algoritmo genético tem eficiência, em geral, mais alta que aquela de um método de busca condicional e que esta eficiência é comparável àquela de uma busca exaustiva. Na formalização do algoritmo genético pesquisamos o comportamento de parâmetros tais como: probabilidade e recombinação, probabilidade de mutação,tamanho amostral, quantidade de gerações, quantidade de soluções e tamanho do genoma, para diferentes funções objetivo: BIC (do inglês "Bayesian Information Criterion"), AIC (do inglês "Akaike Information Criterion") e SSE, a soma de quadrados dos resíduos de um modelo ajustado. A aplicação das metodologias propostas é também considerada na análise de um conjunto de dados genotípicos e fenotípicos de ratos provenientes de um delineamento 'F IND 2'
- Imprenta:
- Data da defesa: 22.08.2008
- Status:
- Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)
- Versão do Documento:
- Versão publicada (Published version)
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-
ABNT
OLIVEIRA, Paulo Tadeu Meira e Silva de. Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados. 2008. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2008. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/. Acesso em: 08 abr. 2026. -
APA
Oliveira, P. T. M. e S. de. (2008). Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/ -
NLM
Oliveira PTM e S de. Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados [Internet]. 2008 ;[citado 2026 abr. 08 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/ -
Vancouver
Oliveira PTM e S de. Aplicação do algoritmo genético no mapeamento de genes epistáticos em cruzamentos controlados [Internet]. 2008 ;[citado 2026 abr. 08 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45133/tde-29092008-110907/ - Estimação e testes de hipóteses em calibração comparativa
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