Modelos de virtual screening de inibidores da cruzaína:: desenvolvimento e validação experimental (2008)
- Authors:
- Autor USP: MALVEZZI, ALBERTO - IQ
- Unidade: IQ
- Sigla do Departamento: QFL
- Subjects: QUÍMICA MÉDICA; FÁRMACOS (PLANEJAMENTO); QUÍMICA FARMACÊUTICA; RELAÇÕES QUANTITATIVAS ENTRE ESTRUTURA QUÍMICA E ATIVIDADE BIOLÓGICA
- Language: Português
- Abstract: Com o objetivo de buscar e identificar novo(s) inibidor(es) da cruzaína - uma cisteíno-protease do Trypanosoma cruzi, o agente etiológico da doença de Chagas - foram propostos, validados e, a seguir, aplicados sobre a biblioteca de compostos ZINC (3.294.714 compostos), dois modelos de virtual screening (Modelos I e II). Os modelos de virtual screening propostos, contendo seqüências de filtros físico químicos, farmacofóricos, de docking e de seleção por inspeção visual, foram construídos a partir de informações de 13 complexos da cruzaína e de 20 complexos de outras cisteíno-protease, cujas estruturas estão disponíveis no PDB. Numa primeira etapa, o reconhecimento detalhado das características estruturais da cruzaína foi realizado por inspeção visual; pelos campos de interação molecular, gerados pelo programa GRID; pela identificação das propriedades de interação molecular na superfície da cavidade, geradas pelo programa CAVBASE e; por simulações de dinâmica molecular. O Modelo I de virtual screening - obtido a partir do reconhecimento das estruturas dos 13 complexos da cruzaína depositadas no PDB - foi aplicado sobre o ZINC, selecionando 10 compostos, dos quais 6 compostos foram adquiridos e submetidos ao teste de inibição enzimática da cruzaína, para a validação experimental do modelo. Observou-se que 3 destes compostos (ZINC02470662, ZINC02682879 e ZINC03192044, respectivamente) não mostraram inibição significativa da cruzaína, nas condições experimentais utilizadas,até a concentração de 7mM, enquanto que os 3 restantes (ZINC02663001, ZINC01936854 e ZINC03326243, respectivamente) apresentaram inibição enzimática inespecífica, sugerindo que estes últimos agem pelo mecanismo, promíscuo. O mecanismo promíscuo de inibição enzimática, foi verificado pela ) adição de 0,1 'POR CENTO' Triton X-100 no ensaio enzimático, observando-se a correspondente perda de inibição da cruzaína. Para estes compostos, a confirmação do mecanismo promíscuo foi feita observando-se a perda de inibição da enzima, após o aumento em dez vezes da concentração da cruzaína no ensaio enzimático. O Modelo II - obtido a partir do reconhecimento das estruturas dos 13 complexos da cruzaína e dos 20 complexos de outras cisteíno-proteases, identificadas na busca por cavidades similares à cruzaína - foi aplicado sobre o banco de dados ZINC, selecionando 55 compostos dos quais 19 foram adquiridos e submetidos ao teste de inibição enzimática da cruzaína, para validação experimental do modelo. Observou-se que o composto ZINC01794422 apresentou inibição específica da enzima com constante de inibição no valor de 'K IND.I''IGUAL'21 'mü'M, enquanto que os demais 18 compostos não mostraram inibição significativa, nas condições experimentais utilizadas, até a concentração de 592 'mü'M. O mecanismo promíscuo de inibição enzimática não foi observado, uma vez que todos os testes foram realizados com 0,1 'POR CENTO' de Triton X-1OO. O Modelo II identificou, ainda,mais dois inibidores da cruzaína (ZINC04899534 e ZINC01547017) que, por serem estruturalmente semelhantes aos utilizados na construção do modelo e já terem sido descritos na literatura, não foram adquiridos ou testados nos ensaios enzimáticos. Considerando apenas o novo inibidor identificado, o Modelo II apresentou uma taxa de acerto de 5,3 'POR CENTO'. Este valor esta de acordo com as taxas de acerto encontradas na literatura que variam entre 1 a 50 'POR CENTO'
- Imprenta:
- Data da defesa: 09.05.2008
-
ABNT
MALVEZZI, Alberto. Modelos de virtual screening de inibidores da cruzaína:: desenvolvimento e validação experimental. 2008. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2008. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46135/tde-10082016-115529/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Malvezzi, A. (2008). Modelos de virtual screening de inibidores da cruzaína:: desenvolvimento e validação experimental (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46135/tde-10082016-115529/ -
NLM
Malvezzi A. Modelos de virtual screening de inibidores da cruzaína:: desenvolvimento e validação experimental [Internet]. 2008 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46135/tde-10082016-115529/ -
Vancouver
Malvezzi A. Modelos de virtual screening de inibidores da cruzaína:: desenvolvimento e validação experimental [Internet]. 2008 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/46/46135/tde-10082016-115529/
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
