Tese

Mapeamento de dados genômicos usando escalonamento multidimensional (2008)

• Authors:
  • Espezúa Llerena, Soledad
  • Maciel, Carlos Dias (Orientador)
• Autor USP: LLERENA, SOLEDAD ESPEZÚA - EESC
• Unidade: EESC
• Sigla do Departamento: SEL
• Subjects: VISUALIZAÇÃO; INFORMAÇÃO; ESCALONAMENTO MULTIDIMENSIONAL
• Language: Português
• Abstract: Neste trabalho são exploradas diversas técnicas de escalonamento multidimensional (MDS), com o objetivo de estudar sua aplicabilidade no mapeamento de dados genômicos resultantes da técnica RFLP-PCR, sendo esse mapeamento realizado em espaços de baixa dimensionalidade (2D ou 3D) com o fim de aproveitar a habilidade de análise e interpretação visual que possuem os seres humanos. Foi realizada uma análise comparativa de diversos algoritmos MDS, visando sua aptidão para mapear dados genômicos. Esta análise compreendeu o estudo de alguns índices de desempenho como a precisão no mapeamento, o custo computacional e a capacidade de induzir bons agrupamentos. Para a realização dessa análise foi desenvolvida a ferramenta "MDSExplorer", a qual integra os algoritmos estudados e várias opções que permitem comparar os algoritmos e visualizar os mapeamentos. Á análise realizada sobre diversos bancos de dados citados na literatura, sugerem que o algoritmo LANDMARK possui o menor tempo computacional, uma precisão de mapeamento similar aos demais algoritmos, e uma boa capacidade de manter as estruturas existentes nos dados. Finalmente, o MDSExplorer foi usado para mapear um banco de dados genômicos: o banco de estirpes de bactérias fixadoras de nitrogênio, pertencentes ao gênero Bradyrhizobium, com objetivo de ajudar o especialista a inferir visualmente alguma taxonomia nessas estirpes. Os resultados na redução dimensional desse banco de dados sugeriram que a informaçãorelevante (acima dos 60% da variância acumulada) para as regiões 16S, 23S e IGS estaria nas primeiras 5, 4 e 9 dimensões respectivamente
• Imprenta:
  • Publisher place: São Carlos
  • Date published: 2008
• Data da defesa: 04.06.2008


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How to cite

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• ABNT

  ESPEZÚA LLERENA, Soledad. Mapeamento de dados genômicos usando escalonamento multidimensional. 2008. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2008. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-30072008-094122/. Acesso em: 25 jan. 2026.

• APA

  Espezúa Llerena, S. (2008). Mapeamento de dados genômicos usando escalonamento multidimensional (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-30072008-094122/

• NLM

  Espezúa Llerena S. Mapeamento de dados genômicos usando escalonamento multidimensional [Internet]. 2008 ;[citado 2026 jan. 25 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-30072008-094122/

• Vancouver

  Espezúa Llerena S. Mapeamento de dados genômicos usando escalonamento multidimensional [Internet]. 2008 ;[citado 2026 jan. 25 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-30072008-094122/

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