Caracterização de retrotransposons similares a Tnt1 em espécies silvestres e cultivadas do gênero Solanum (2007)
- Authors:
- Autor USP: MANETTI, MARIA ELISA - IB
- Unidade: IB
- Sigla do Departamento: BIB
- Subjects: BOTÂNICA; SEQUENCIAMENTO GENÉTICO
- Language: Português
- Abstract: Tnt1 foi o primeiro retrotransposon ativo identificado em fumo após sua inserção no gene estrutural da nitrato redutase. Dez anos mais tarde, um novo membro foi caracterizado em Lycopersicon: Retrolyc1. Neste estudo analisamos seqüências similares a Tnt1 em 20 espécies silvestres de Solanum e cinco cultivares de Solanum tuberosum. As seqüências completas foram amplificadas a partir de DNA genômico utilizando uma estratégia baseada em PCR. Os fragmentos purificados foram clonados e seqüenciados, e a análise filogenética revelou três grupos que diferem na sua região U3 [Genbank: EF620567-EF620763]. Estes fragmentos clonados foram chamados de Retrosol. Utilizando uma abordagem de \"network\" com um total de 453 seqüências não redundantes e isoladas de espécies de: Solanum (197), Nicotiana (140) e (116) Lycopersicon, foi demonstrado que a família Tnt1 pode ser tratada como uma população para tentar resolver ramificações filogenéticas multiforcadas. A rede resultante da RNAseH revelou que as seqüências agrupam de acordo com o gênero de Solanaceae, sustentando uma forte associação com o genoma hospedeiro, e que a variação das seqüências na região U3 associada, caracteriza o padrão evolutivo modular dentro da família Tnt1. Dentro de cada gênero, e independentemente das espécies, quase 20% das seqüências Tnt1 analisadas são idênticas, o que indica que foram provenientes de uma cópia ativa. As relações de \"network\" permitiram a identificação da \"seqüência mestreou fundadora\" e forneceu provas de que dentro de cada gênero essas seqüências mestre são associadas com regiões U3 distintas. O número de cópias de seqüências similares a Tnt1 foi determinado utilizando PCR quantitativo em tempo-real. Comparando-se o número de cópias, foi revelado que em fumo as cópias de Tnt1 são abundantes e representam cerca de 2% do genoma, enquanto em tomate as cópias de Retrolyc1 são menos ) abundantes. As espécies de Solanum mostraram um número baixo de cópias de Retrosol e uma relação LTR: domínio interno de aproximadamente 2:1, sugerindo que a maioria das cópias são completas. Utilizando uma estratégia baseada em PCR, uma seqüência completa de Retrosol de quase 5 kb foi clonada. Esta cópia possui todas as características típicas de um retrotransposon tipo Ty1-copia e apresenta baixa identidade de nucleotídeos na região U3 quando comparada, aos outros membros da família. Os resultados aqui apresentados corroboram a hipótese de que a família Tnt1 estava presente logo no início da evolução de Solanaceae. A evidência sugere também que a região da RNAseH ficou fixada ao nível de gênero no hospedeiro, e que dentro de cada gênero a propagação foi assegurado pela diversificação da região U3
- Imprenta:
- Data da defesa: 04.12.2007
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ABNT
MANETTI, Maria Elisa. Caracterização de retrotransposons similares a Tnt1 em espécies silvestres e cultivadas do gênero Solanum. 2007. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41132/tde-30012008-094441/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Manetti, M. E. (2007). Caracterização de retrotransposons similares a Tnt1 em espécies silvestres e cultivadas do gênero Solanum (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41132/tde-30012008-094441/ -
NLM
Manetti ME. Caracterização de retrotransposons similares a Tnt1 em espécies silvestres e cultivadas do gênero Solanum [Internet]. 2007 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41132/tde-30012008-094441/ -
Vancouver
Manetti ME. Caracterização de retrotransposons similares a Tnt1 em espécies silvestres e cultivadas do gênero Solanum [Internet]. 2007 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41132/tde-30012008-094441/
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