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Métodos bayesianos aplicados em taxonomia molecular (2007)

  • Authors:
  • Autor USP: TALAVERA, EDWIN RAFAEL VILLANUEVA - EESC
  • Unidade: EESC
  • Sigla do Departamento: SEL
  • Subjects: INFERÊNCIA BAYESIANA; ALGORITMOS; PROBABILIDADE APLICADA
  • Language: Português
  • Abstract: Neste trabalho são apresentados dois métodos de agrupamento de dados visados para aplicações em taxonomia molecular. Estes métodos estão baseados em modelos probabilísticos, o que permite superar alguns problemas apresentados nos métodos não probabilísticos existentes, como a dificuldade na escolha da métrica de distância e a falta de tratamento e aproveitamento do conhecimento a priori disponível. Os métodos apresentados combinam por meio do teorema de Bayes a informação extraída dos dados com o conhecimento a priori que se dispõe, razão pela qual são denominados métodos Bayesianos. O primeiro método, método de agrupamento hierárquico Bayesiano, está baseado no algoritmo HBC (Hierarchical Bayesian Clustering). Este método constrói uma hierarquia de partições (dendrograma) baseado no critério da máxima probabilidade a posteriori de cada partição. O segundo método é baseado em um tipo de modelo gráfico probabilístico conhecido como redes Gaussianas condicionais, o qual foi adaptado para problemas de agrupamento. Ambos métodos foram avaliados em três bancos de dados donde se conhece a rótulo da classe. Os métodos foram usados também em um problema de aplicação real: a taxonomia de uma coleção brasileira de estirpes de bactérias do gênero Bradyrhizobium (conhecidas por sua capacidade de fixar o 'N IND.2' do ar no solo). Este banco de dados é composto por dados genotípicos resultantes da análise do RNA ribossômico. Os resultados mostraram que o método hierárquicoBayesiano gera dendrogramas de boa qualidade, em alguns casos superior que o melhor dos algoritmos hierárquicos analisados. O método baseado em redes gaussianas condicionais também apresentou resultados aceitáveis, mostrando um adequado aproveitamento do conhecimento a priori sobre as classes tanto na determinação do número ótimo de grupos, quanto no melhoramento da qualidade dos agrupamentos
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 31.08.2007
  • Acesso à fonte
    How to cite
    A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas

    • ABNT

      VILLANUEVA TALAVERA, Edwin Rafael; MACIEL, Carlos Dias. Métodos bayesianos aplicados em taxonomia molecular. 2007.Universidade de São Paulo, São Carlos, 2007. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-03102007-105125/ >.
    • APA

      Villanueva Talavera, E. R., & Maciel, C. D. (2007). Métodos bayesianos aplicados em taxonomia molecular. Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-03102007-105125/
    • NLM

      Villanueva Talavera ER, Maciel CD. Métodos bayesianos aplicados em taxonomia molecular [Internet]. 2007 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-03102007-105125/
    • Vancouver

      Villanueva Talavera ER, Maciel CD. Métodos bayesianos aplicados em taxonomia molecular [Internet]. 2007 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/18/18152/tde-03102007-105125/

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