Uma ferramenta para a visualização de ESTs (2007)
- Authors:
- Autor USP: DIAS, DELANE PEREIRA DE OLIVEIRA - ICMC
- Unidade: ICMC
- Sigla do Departamento: SCE
- Subjects: VISUALIZAÇÃO; COMPUTAÇÃO GRÁFICA; BIOINFORMÁTICA
- Language: Português
- Abstract: Expressed Sequence Tags (ESTs) são amostras de trechos de genes, que funcionam como moldes na síntese de proteínas. Como a quantidade de ESTs coletados nos últimos anos é muito grande, o uso de computadores tornou-se imprescindível para a identificação de genes, proteínas e para a descoberta de genes homólogos. Este trabalho propõe uma metodologia e implementa uma ferramenta para a visualização de ESTs através de um grafo para auxiliar biólogos na exploração e na descoberta de conhecimento sobre estas seqüências. A metodologia inclui agrupamento usando um programa montador de seqüências e, conseqüentemente, a transformação dos grupos em nós de um grafo. O algoritmo BLAST é usado para procurar alinhamentos entre seqüências, representando-os posteriormente por arestas entre as seqüências mais similares. Para a visualização do grafo utilizamos e modificamos a ferramenta TG WikiBrowser conectada a um banco de dados. O resultado é uma ferramenta interativa baseada em código livre e robusto que funciona em ambientesWindows e Linux. Ela possibilita a fácil exploração do grafo, com diversas funcionalidades como, por exemplo: a expansão e filtragem do grafo, a busca por rótulos ou trechos de seqüências e a visualização detalhada de seqüências e grupos de seqüências. Com isso, os biólogos e especialistas em bioinformática ganham mais uma alternativa de investigação da genética
- Imprenta:
- Publisher place: São Carlos
- Date published: 2007
- Data da defesa: 05.02.2007
-
ABNT
DIAS, Delane Pereira de Oliveira. Uma ferramenta para a visualização de ESTs. 2007. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Carlos, 2007. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/. Acesso em: 08 out. 2024. -
APA
Dias, D. P. de O. (2007). Uma ferramenta para a visualização de ESTs (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/ -
NLM
Dias DP de O. Uma ferramenta para a visualização de ESTs [Internet]. 2007 ;[citado 2024 out. 08 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/ -
Vancouver
Dias DP de O. Uma ferramenta para a visualização de ESTs [Internet]. 2007 ;[citado 2024 out. 08 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/
How to cite
A citação é gerada automaticamente e pode não estar totalmente de acordo com as normas
