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Uma ferramenta para a visualização de ESTs (2007)

  • Authors:
  • Autor USP: DIAS, DELANE PEREIRA DE OLIVEIRA - ICMC
  • Unidade: ICMC
  • Sigla do Departamento: SCE
  • Subjects: VISUALIZAÇÃO; COMPUTAÇÃO GRÁFICA; BIOINFORMÁTICA
  • Language: Português
  • Abstract: Expressed Sequence Tags (ESTs) são amostras de trechos de genes, que funcionam como moldes na síntese de proteínas. Como a quantidade de ESTs coletados nos últimos anos é muito grande, o uso de computadores tornou-se imprescindível para a identificação de genes, proteínas e para a descoberta de genes homólogos. Este trabalho propõe uma metodologia e implementa uma ferramenta para a visualização de ESTs através de um grafo para auxiliar biólogos na exploração e na descoberta de conhecimento sobre estas seqüências. A metodologia inclui agrupamento usando um programa montador de seqüências e, conseqüentemente, a transformação dos grupos em nós de um grafo. O algoritmo BLAST é usado para procurar alinhamentos entre seqüências, representando-os posteriormente por arestas entre as seqüências mais similares. Para a visualização do grafo utilizamos e modificamos a ferramenta TG WikiBrowser conectada a um banco de dados. O resultado é uma ferramenta interativa baseada em código livre e robusto que funciona em ambientesWindows e Linux. Ela possibilita a fácil exploração do grafo, com diversas funcionalidades como, por exemplo: a expansão e filtragem do grafo, a busca por rótulos ou trechos de seqüências e a visualização detalhada de seqüências e grupos de seqüências. Com isso, os biólogos e especialistas em bioinformática ganham mais uma alternativa de investigação da genética
  • Imprenta:
  • Data da defesa: 05.02.2007
  • Acesso à fonte
    How to cite
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    • ABNT

      DIAS, Delane Pereira de Oliveira; MINGHIM, Rosane. Uma ferramenta para a visualização de ESTs. 2007.Universidade de São Paulo, São Carlos, 2007. Disponível em: < http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/ >.
    • APA

      Dias, D. P. de O., & Minghim, R. (2007). Uma ferramenta para a visualização de ESTs. Universidade de São Paulo, São Carlos. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/
    • NLM

      Dias DP de O, Minghim R. Uma ferramenta para a visualização de ESTs [Internet]. 2007 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/
    • Vancouver

      Dias DP de O, Minghim R. Uma ferramenta para a visualização de ESTs [Internet]. 2007 ;Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-08052007-100008/

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