Detecção e variabilidade do gene do nucleocapsídeo de isolados de diferentes regiões geográficas do vírus da mancha das orquídeas ("Orchid fleck virus"- OFV) (2006)
- Authors:
- Autor USP: KUBO, KAREN SUMIRE - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LEF
- Subjects: ÁCAROS; MANCHA ANELAR; ORQUÍDEA; VARIAÇÃO GENÉTICA; VETORES DE DOENÇAS DE PLANTAS; VÍRUS DE PLANTAS
- Language: Português
- Abstract: O vírus da mancha das orquídeas (Orchid fleck virus - OFV), transmitido pelo ácaro Brevipalpus californicus, causa manchas cloróticas e necróticas em orquídeas de vários gêneros e foi relatado em diversos países. O diagnóstico de "orchid fleck", doença causada pelo OFV, tem sido feito através da análise dos sintomas, sorologia, observação de cortes ultrafinos de tecido infectado em microscópio eletrônico de transmissão ou RT-PCR. No entanto, apesar de testes moleculares serem freqüentemente mais eficientes e específicos que outros métodos, os "primers" disponíveis na literatura nem sempre detectam o vírus em baixas concentrações no tecido vegetal, ou amplificam regiões da planta sadia. Com base nas seqüências nucleotídicas da capa protéica viral depositadas no GenBank foram desenhados novos primers, que amplificam um fragmento de 326 pb. Esses primers foram utilizados para a detecção do OFV por RT-PCR e para a marcação com digoxigenina de sondas para hibridização. A variabilidade de um fragmento do gene da capa protéica deste vírus foi estudada por polimorfismo conformacional de fita simples ("Single strand conformational polymorphism" SSCP) e seqüenciamento de nucleotídeos. Quarenta e oito amostras de 18 gêneros de orquídeas foram coletadas no Brasil, Costa Rica e Austrália. As análises dos padrões de SSCP resultaram em seis haplótipos diferentes e em agrupamentos baseados na origem geográfica das amostras. Amostras representando cada um dessespadrões foram seqüenciadas e comparadas com aquelas disponíveis no GenBank. A análise de SSCP provou ser eficiente para fornecer informações preliminares sobre a variabilidade do OFV. No entanto, apenas através do seqüenciamento de nucleotídeos das amostras foi possível determinar a real variabilidade das mesmas
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2006
- Data da defesa: 23.06.2006
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ABNT
KUBO, Karen Sumire. Detecção e variabilidade do gene do nucleocapsídeo de isolados de diferentes regiões geográficas do vírus da mancha das orquídeas ("Orchid fleck virus"- OFV). 2006. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2006. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-16082006-145459/. Acesso em: 23 abr. 2024. -
APA
Kubo, K. S. (2006). Detecção e variabilidade do gene do nucleocapsídeo de isolados de diferentes regiões geográficas do vírus da mancha das orquídeas ("Orchid fleck virus"- OFV) (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-16082006-145459/ -
NLM
Kubo KS. Detecção e variabilidade do gene do nucleocapsídeo de isolados de diferentes regiões geográficas do vírus da mancha das orquídeas ("Orchid fleck virus"- OFV) [Internet]. 2006 ;[citado 2024 abr. 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-16082006-145459/ -
Vancouver
Kubo KS. Detecção e variabilidade do gene do nucleocapsídeo de isolados de diferentes regiões geográficas do vírus da mancha das orquídeas ("Orchid fleck virus"- OFV) [Internet]. 2006 ;[citado 2024 abr. 23 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-16082006-145459/
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