Comparação de Algoritmos de Ordenação de Locos em Mapas Genéticos Usando Métodos Monte Carlo (2005)
- Authors:
- USP affiliated author: VENCOVSKY, ROLAND - ESALQ
- School: ESALQ
- Subjects: MAPEAMENTO GENÉTICO; MÉTODO DE MONTE CARLO
- Language: Português
- Abstract: Avaliar a eficiência dos algoritmos Seriation e Rapid Chain Delineation (RCD) na construção de mapas de ligação, bem como o desempenho dos critérios de refinamento SARF (Soma Mínima das Frações de Recombinação Adjacentes), PARF (Produto Mínimo das Frações de Recombinação Adjacentes) e SALOD (Soma Máxima dos LOD scores Adjacentes). Material e métodos: Foi usada a estratégia Monte Carlo através de simulação computacional. Foram simuladas populações RC (retrocruzamento) e F2 com 200 indivíduos contendo um par de cromossomos, com 24 marcadores dominantes e codominantes em cada cromossomo, posicionados a distâncias variando aleatoriamente. Também foram simulados 25%, 50% e 75% de dados perdidos. Para cada combinação, foram simuladas 1000 populações. Uma vez obtidos os mapas, foi feita a comparação através da correlação com o mapa simulado. Resultados: Verificou-se que o método RCD apresenta melhor eficiência na ordenação dos marcadores, sendo rápido e confiável. Os critérios de refinamento foram de grande importância para a obtenção de ordens corretas, sendo que os critérios SARF e o PARF foram os que mais se destacaram. Conclusões: Aconselha-se a utilização do método RCD, pois este tem a vantagem de ser um método extremante simples e rápido fornecendo um mapa bastante confiável. Aconselha-se ainda a utilização do critério SARF, uma vez que este necessita apenas de somas nos cálculos, tornando a construção do mapa mais rápida do ponto de vista computacional.
- Imprenta:
- Source:
- Título do periódico: Agropecuária; resumos
- Conference title: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo
-
ABNT
MOLLINARI, M. e MARGARIDO, G. R. A. e GARCIA, A. A. F. Comparação de Algoritmos de Ordenação de Locos em Mapas Genéticos Usando Métodos Monte Carlo. 2005, Anais.. São Paulo: USP, 2005. . Acesso em: 06 jul. 2022. -
APA
Mollinari, M., Margarido, G. R. A., & Garcia, A. A. F. (2005). Comparação de Algoritmos de Ordenação de Locos em Mapas Genéticos Usando Métodos Monte Carlo. In Agropecuária; resumos. São Paulo: USP. -
NLM
Mollinari M, Margarido GRA, Garcia AAF. Comparação de Algoritmos de Ordenação de Locos em Mapas Genéticos Usando Métodos Monte Carlo. Agropecuária; resumos. 2005 ;[citado 2022 jul. 06 ] -
Vancouver
Mollinari M, Margarido GRA, Garcia AAF. Comparação de Algoritmos de Ordenação de Locos em Mapas Genéticos Usando Métodos Monte Carlo. Agropecuária; resumos. 2005 ;[citado 2022 jul. 06 ] - Aditividade de variância bootstrap de estimativas de parâmetros de estrutura genética populacional
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