Tese

Alinhamento de seqüências biológicas (2003)

• Authors:
  • Brito, Rogério Theodoro de
  • Soares, José Augusto Ramos (Orientador)
• Autor USP: BRITO, ROGERIO THEODORO DE - IME
• Unidade: IME
• Sigla do Departamento: MAC
• DOI: 10.11606/D.45.2003.tde-20210729-133434
• Assunto: ALGORITMOS E ESTRUTURAS DE DADOS
• Language: Português
• Abstract: Uma das tarefas mais básicas em Biologia Computacional é fazer a comparação de seqÜências de espécies que estejam em estudo. Uma das maneiras de fazer a comparação é pela construção de um alinhamento das seqüências de interesse. Alinhamentos de seüências biológicas são ferramentas que, além de serem usadas para análise de regiões conservadas e de regiões que sofreram mutações em seqüências homólogas, também servem como ponto de partida para outras aplicações em Biologia Computacional, como o estudo de estruturas secundárias de proteínas e a construção de árvores filogenéticas. Na dissertação procuramos abranger os resultados teóricos conhecidos mais importantes sobre alinhamentos de seqüências. Nela apresentamos, inicialmente, uma introdução ao conceito de alinhamentos de seqüências e aos algoritmos básicos para a busca de alinhamentos ótimos. Mostramos também que, em geral, o problema de encontrar um alinhamento ótimo de várias seqüências é NP-difícil e, além disso, exibimos dois algoritmos de aproximação para o problema. Finalmente, damos uma descrição de modelos estatísticos chamados Modelos de Markov de Estados Ocultos (em inglês, Hidden Markov Models), que possuem amplas aplicações e que podem ser usados para a construção de alinhamentos de várias seqüências. Nosso objetivo com a dissertação é fazer uma discussão em língua portuguesa que seja detalhada, unificada, clara e bastante acessível de aspectos computacionais do problema de busca de alinhamentos quefiguram apenas em artigos científicos e que são freqüentemente omitidos em livros-texto
• Imprenta:
  • Publisher place: São Paulo
  • Date published: 2003
• Data da defesa: 21.08.2003


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Status:

Artigo publicado em periódico de acesso aberto (Gold Open Access)

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• ABNT

  BRITO, Rogério Theodoro de. Alinhamento de seqüências biológicas. 2003. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, São Paulo, 2003. Disponível em: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20210729-133434/. Acesso em: 04 abr. 2026.

• APA

  Brito, R. T. de. (2003). Alinhamento de seqüências biológicas (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, São Paulo. Recuperado de https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20210729-133434/

• NLM

  Brito RT de. Alinhamento de seqüências biológicas [Internet]. 2003 ;[citado 2026 abr. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20210729-133434/

• Vancouver

  Brito RT de. Alinhamento de seqüências biológicas [Internet]. 2003 ;[citado 2026 abr. 04 ] Available from: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-20210729-133434/

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