Polimorfismos de seqüência nucleotídica em fragmentos genômicos de cana-de-açúcar homólogos a genes de resistência (2003)
- Authors:
- Autor USP: QUIRINO, MARIANA SENNA - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LFT
- Subjects: CANA-DE-AÇÚCAR; ESCALDADURA DA FOLHA; FERRUGEM (DOENÇA DE PLANTA); GENES; NUCLEOTÍDEOS; VARIAÇÃO GENÉTICA EM PLANTAS; RESISTÊNCIA GENÉTICA VEGETAL; VARIEDADES VEGETAIS
- Language: Português
- Abstract: Este trabalho objetivou investigar a existência de polimorfismos de seqüência nucleotídica (SNPs "single nucleotide polymorphisms") em fragmentos genômicos de cana-de-açúcar homólogos a genes de resistência. Para tal, iniciadores sintéticos homólogos às extremidades de uma seqüência expressa identificada (ESTs "expressed sequence tag") como homóloga ao gene Xa1 de arroz (EST SCCCCL3080E03.g) e outra ao gene Rp1-D de milho (EST SCCCCL3080B03.g) foram utilizados para amplificar, em duplicata, fragmentos genômicos de variedades de cana-de-açúcar. Em seguida, os fragmentos foram clonados e seqüenciados. No caso do primeiro EST, foram obtidas seqüências de 119 insertos de uma variedade resistente (SP804966) e 156 de uma variedade suscetível (SP80180) a Xanthomonas albilineans. No segundo caso, foram obtidas seqüências de 167 insertos de uma terceira variedade resistente (R570) e 135 de outra suscetível (SP811763) a Puccinia melanocephala. Para cada EST considerado, as seqüências foram comparadas por meio do programa DNA Sequencher 3.0 (Gene Codes Corporation, Ann Arbor, MI). Nesta análise, somente foram consideradas seqüências reproduzíveis, isto é, que ocorreram nas duas repetições. No caso de ambos ESTs, a comparação de seqüências entre variedades possibilitou a identificação de quatro a seis fragmentos distintos. A comparação entre variedades, por sua vez, revelou a existência de até duas seqüências comuns. Presume-se que estas seqüênciasreproduzíveis e confirmadas por meio de digestões de clones representativos de cada uma com enzimas de restrição, correspondam a seqüências alélicas. Iniciadores foram sintetizados com base em polimorfismos encontrados entre os diferentes alelos. No entanto, tentativas de amplificar alelos específicos por meio destes iniciadores se revelaram infrutíferas. Tal insucesso deve-se possivelmente à condição polialélica da cana-de-acúcar, que faz com que polimorfismos entre dois ) alelos sejam compensados por monomorfismos entre estes e os demais alelos. Assim, a utilização de SNPs como marcadores moleculares baseados em PCR em cana-de- açúcar mostra-se mais complexa quando comparada a plantas diplóides
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2003
- Data da defesa: 06.06.2003
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ABNT
QUIRINO, Mariana Senna. Polimorfismos de seqüência nucleotídica em fragmentos genômicos de cana-de-açúcar homólogos a genes de resistência. 2003. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2003. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-14072003-102304/. Acesso em: 09 ago. 2024. -
APA
Quirino, M. S. (2003). Polimorfismos de seqüência nucleotídica em fragmentos genômicos de cana-de-açúcar homólogos a genes de resistência (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-14072003-102304/ -
NLM
Quirino MS. Polimorfismos de seqüência nucleotídica em fragmentos genômicos de cana-de-açúcar homólogos a genes de resistência [Internet]. 2003 ;[citado 2024 ago. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-14072003-102304/ -
Vancouver
Quirino MS. Polimorfismos de seqüência nucleotídica em fragmentos genômicos de cana-de-açúcar homólogos a genes de resistência [Internet]. 2003 ;[citado 2024 ago. 09 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11135/tde-14072003-102304/
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