Exploração de uma biblioteca genômica de Passiflora edulis f. flavicarpa por sequenciamento de BAC-ends (2013)
- Authors:
- Autor USP: SANTOS, ANSELMO AZEVEDO DOS - ESALQ
- Unidade: ESALQ
- Sigla do Departamento: LGN
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; MARACUJÁ; GENÔMICA
- Language: Português
- Abstract: O maracujá-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa) é uma frutífera de importância econômica no Brasil, sendo apreciado para a produção de suco concentrado e para o consumo in natura, além de ser usado pela indústria farmacêutica na extração da passiflorina. O presente trabalho visou à exploração da biblioteca genômica inserida em BACs (Ped-B-Flav) por meio da técnica de BAC-end sequencing, visando prover os primeiros insights sobre a composição e organização genômica da espécie, além de gerar novos candidatos a marcadores moleculares. Ao todo foram realizadas 9.979 reações de sequenciamento com eficiência média de 89 %, resultando em 8.821 BES de alta qualidade, com tamanho variando entre 100 pb e 1.255 pb, tendo em média 596 pb, totalizando cerca de 5,7 Mpb de informação genômica. Foram identificados, ao todo, 610 potenciais novos marcadores microssatélites. Os motivos de tetranucleotídeos foram os mais abundantes, ou seja, 28,9 % do total, sendo as repetições AATT aquelas observadas com maior frequência, com 131 ocorrências. Foram identificados e classificados 4.394 (19,69 %) elementos repetitivos. Dentre estes elementos, os grupos dos retrotransposons gypsy e copia-like foram os mais abundantes, correspondendo a 10,08 % e 7,93 % das ocorrências, respectivamente. Além disso, foram encontradas 767 (8,7 %) sequências com alta identidade a regiões codificadoras de proteínas. Estas sequências foram classificadas e anotadas de acordo com o vocabulário controlado GeneOntology.Análises de mapeamento genômico comparativo revelaram três regiões microssintênicas com o genoma de Populus trichocarpa, uma com o genoma de Vitis vinifera e uma com o genoma de Arabdopisis thaliana, além de evidenciarem uma série de regiões rearranjadas em relação aos genomas de referência. O presente estudo mostrou que os BES de Passiflora edulis são uma excelente fonte de informações sobre o genoma da espécie, principalmente no que tange à diversidade gênica, identificação de elementos transponíveis e ao potencial para o desenvolvimento de novos marcadores genéticos. Igualmente, foi possível empregar essas sequências na identificação de regiões microssintênicas entre o genoma do maracujá-amarelo e de outras espécies vegetais próximas
- Imprenta:
- Publisher place: Piracicaba
- Date published: 2013
- Data da defesa: 03.07.2013
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ABNT
SANTOS, Anselmo Azevedo dos. Exploração de uma biblioteca genômica de Passiflora edulis f. flavicarpa por sequenciamento de BAC-ends. 2013. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Piracicaba, 2013. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-22082013-160154/. Acesso em: 19 abr. 2024. -
APA
Santos, A. A. dos. (2013). Exploração de uma biblioteca genômica de Passiflora edulis f. flavicarpa por sequenciamento de BAC-ends (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Piracicaba. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-22082013-160154/ -
NLM
Santos AA dos. Exploração de uma biblioteca genômica de Passiflora edulis f. flavicarpa por sequenciamento de BAC-ends [Internet]. 2013 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-22082013-160154/ -
Vancouver
Santos AA dos. Exploração de uma biblioteca genômica de Passiflora edulis f. flavicarpa por sequenciamento de BAC-ends [Internet]. 2013 ;[citado 2024 abr. 19 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-22082013-160154/
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