Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos (2012)
- Authors:
- Autor USP: PIGNATA, LUIZ FERNANDO MARTINS - FMRP
- Unidade: FMRP
- Sigla do Departamento: RGE
- Subjects: BIOINFORMÁTICA; EXPRESSÃO GÊNICA; GENÉTICA
- Keywords: Microarray; Normalização; Redes gênicas; Bioinformatics; Gene expression; Gene networks; Microarray; Normalization
- Language: Português
- Abstract: Os microRNAs estão envolvidos no processo de regulação da expressão gênica da célula, onde a molécula de microRNA se liga com o RNA mensageiro interrompendo, assim, a expressão do respectivo gene pela interrupção da tradução. A bioinformática tem auxiliado na identificação de vários genes codificadores de microRNAs em plantas e animais, incluindo mamíferos, por meio de analises de dados de microarray; assim como na predição de estruturas. Os dados de expressão de microRNAs e RNAs mensageiros foram obtidas por meio de cooperação firmada entre o Laboratório de Bioinformática do Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto USP, coordenado pela orientadora desse projeto, e o Laboratório de Imunogenética Molecular do mesmo departamento, coordenado pelo Professor Doutor Geraldo A. S. Passos. Durante o desenvolvimento e os testes realizados, foram utilizados dados (valores numéricos de dados de expressão coletados por microarrays) provenientes da comparação da expressão de microRNAs e RNAs do timo de camundongos non obese diabetic que reproduzem diabetes melitus do tipo 1, e dados provenientes da comparação da expressão de microRNAs e RNAs de outros experimentos. O presente projeto teve como objetivo o desenvolvimento de um pipeline para a análise in silico de dados de expressão gênica de microRNAs e mRNAs obtidas por microarray. Com base em dados de expressão de microRNAs e RNAs mensageiros, foi possível a análise de diversas ferramentas e o desenvolvimento e ajuste de scripts para que seja possível a análise sequencial de tais dados. Dessa forma, o pipeline desenvolvido inclui a quantificação dos dados de expressão gênica a partir das laminas de microarray, a normalização dos dados, as análises estatísticas das sequências diferencialmente expressas utilizando o Multi Expenment Viewer, a construção de redes de interação microRNAs-RNAsmensageiros e a busca de alvos de microRNAs baseada nesta rede, ambos pelo GenMir++. O pipeline desenvolvido é executado com facilidade e possibilitou a correta análise dos dados, evitando desperdício de tempo em análises de bancada. A partir dos resultados obtidos, novos alvos de miRNA foram encontrados com o uso do pipeline e comprovados em bancada. Tais resultados apresentados no 55° Congresso Brasileiro de Genética com o resumo intitulado “MicroRNA-mRNA Network Controlling the Promiscuous Gene Expression in the Thymus of NOD (Non Obese Diabetic) Mice: Implications in the Emergence of Type 1 Diabetes Mellitus"
- Imprenta:
- Publisher place: Ribeirão Preto
- Date published: 2012
- Data da defesa: 13.04.2012
-
ABNT
PIGNATA, Luiz Fernando Martins. Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos. 2012. Dissertação (Mestrado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2012. Disponível em: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/. Acesso em: 16 abr. 2024. -
APA
Pignata, L. F. M. (2012). Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos (Dissertação (Mestrado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. Recuperado de http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/ -
NLM
Pignata LFM. Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos [Internet]. 2012 ;[citado 2024 abr. 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/ -
Vancouver
Pignata LFM. Pepeline para análise in sílico de dados de expressão de miRNAs e mRNAs em células de mamíferos [Internet]. 2012 ;[citado 2024 abr. 16 ] Available from: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14062012-132754/
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