Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. (2011)
- Autores:
- Autor USP: VASCONCELOS, ELTON JOSÉ ROSAS DE - FMRP
- Unidade: FMRP
- Sigla do Departamento: RBP
- Assuntos: LEISHMANIA; BIOINFORMÁTICA; EXPRESSÃO GÊNICA (CONTROLE)
- Idioma: Português
- Resumo: Os protozoários Leishmania spp. são organismos unicelulares, pertencestes à ordem Kinetoplastida e à família Tripanosomatidae. São os agentes causadores das leishmanioses. Os avanços recentes da pesquisa genômica sustentam a necessidade urgente de explorar a vasta informação contida no material genético desses parasitas. Após a obtenção dos genomas completos de diferentes espécies de Leishmania, as análises in silico se tornam cruciais para a melhor compreensão da biologia destes patógenos. Os tripanossomatídeos têm seus genes codificadores de proteínas agrupados em longas unidades policistrônicas compostas por genes não-relacionados funcionalmente e o controle da expressão gênica acontece, principalmente, por mecanismos pós-transcricionais. O alto grau de sintenia entre as espécies de Leishmania é acompanhado por seqüências codificadoras (CDS) altamente conservadas e seqüências intercodificadoras divergentes. Tendo como meta a identificação de elementos cis envolvidos no controle da expressão gênica, presentes nas regiões não traduzidas (5' e 3'-UTRs) dos mRNAs, conduzimos uma investigação in silico, em larga escala, voltada à busca por seqüências conservadas nas regiões intercodificadoras (CICS) dos genomas de Leishmania Leishmania major, Leishmania Leishmania infantum e Leishmania Viannia braziliensis. Uma combinação de ferramentas computacionais foi utilizada na construção de um pipeline que envolve diversas etapas desde a geração e formatação de arquivos de entrada (Shell/Unix e seripts PERL), passando pela busca por similaridade de seqüências (BLAST) e clusterização de CICS redundantes (SSAKE), até a automação do algoritmo para a predição das UTRs dos mRNAs (PRED-A-TERM) e enriquecimento gênico por meio de suporte estatístico (Teste Exato de Fisher, R seripts) à atribuição de termos do gene ontology (GO) para os genes que possuem CICS em comumna suas UTRs. Após a etapa de clusterização, foi gerado um grande conjunto de 16226 CICS "clusterizadas" e, dentre elas, encontramos diversos elementos já descritos na literatura (SIDERs, DIREs, repeats e ncRNAs). Eliminando as seqüências correspondentes aos elementos já conhecidos, e atribuindo uma estratégia para resgatar os três principais núcleos de conservação, mais representados em cada CICS, ficamos com 9225 novas seqüências intercodificadoras conservadas que chamamos de LeishCICS e, junto com os genes que as albergam em suas UTRs preditas, formaram uma base de dados denominada LeishCICS-clusters. As análises de enriquecimento gênico pela classificação de funções moleculares e processos biológicos GO e a consistência do padrão de variação dos níveis dos transcritos de L. (L.) infantum pertencentes a determinados LeishCICS-clusters, permitiu-nos especular que as LeishCICS possam estar envolvidas na co-regulação pós-transcricional de genes que as compartilham em suas UTRs. Ensaios de alteração da mobilidade em gel de eletroforese (EMSA) revelaram três LeishCICS como potenciais sítios de ligação de proteínas. Nossa abordagem computacional é capaz de identificar possíveis elementos regulatórios e representa um método preditivo para identificar grupos de genes funcionalmente relacionados e/ou coregulados (regulons) em Leishmania spp.
- Imprenta:
- Local: Ribeirão Preto
- Data de publicação: 2011
- Data da defesa: 23.08.2011
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ABNT
VASCONCELOS, Elton José Rosas de. Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. 2011. Tese (Doutorado) – Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto, 2011. . Acesso em: 19 set. 2024. -
APA
Vasconcelos, E. J. R. de. (2011). Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. (Tese (Doutorado). Universidade de São Paulo, Ribeirão Preto. -
NLM
Vasconcelos EJR de. Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. 2011 ;[citado 2024 set. 19 ] -
Vancouver
Vasconcelos EJR de. Identificação in silico e caracterização de potenciais sítios regulatórios em regiões não-traduzidas nos genomas de Leishmania spp. 2011 ;[citado 2024 set. 19 ]
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